Правда, Бибикова обеспокоили известия о слухах, бродивших среди солдат. Они были недовольны тяготами службы. Некоторые говорили, что человек, появившийся под Оренбургом, не Пугачев, а настоящий император. Сержант Филипп Мухин из Владимирского полка передавал вести об императрице:
— …Государыня уже трусит, то в Раненбом (Ораниенбаум. —
Солдаты заявляли даже, что сложат оружие перед «государем». Некоторых из них арестовали, над другими учинили надзор. В письме Фонвизину главнокомандующий признавался, что «дьявольски трусил за своих солдат, чтоб они не сделали так же, как гарнизонные: не сложили оружия перед мятежниками». Он даже послал в Симбирск и Самару поручика Г.Р. Державина, чтобы он сделал «примечание как на легкие обе полевые команды, так и на гусар: в каком состоянии они находятся и по всем ли исправны и какие недостатки? Каковых имеют офицеров и в каком состоянии строевые лошади?»
Наведя порядок во Владимирском полку, Бибиков отдал приказы, и части, ему подчиненные, направляются к центрам движения — в районе Самары и Ставрополя. Майор Муфель с 24-й командой из Сызрани идет на Самару, подполковник Гринев с 22-й командой — туда же на соединение с Муфелем; по пути он должен был присоединить бахмутских гусар. 28 декабря Муфель пришел к селу Рождествено, в пяти верстах от Самары. Ему донесли, что Арапов с повстанцами собирается атаковать его по фронту, а 300 ставропольских калмыков — с тыла. Рано утром 29 декабря каратели вышли из села и подошли к Самаре. Их встретил огонь шести орудий. Атака Муфеля встретила сильное сопротивление, но солдаты все же ворвались в город, многих восставших убили, захватили 200 пленных и все пушки. Команда потеряла трех убитых и 15 раненых. «Злодеев, — писал Муфель в донесении, — хотя и побито довольное число, однако за великим снегом и мятелью, которыми трупы заносило, никак исчислить было неможно, да и здешними обывателями многие трупы были покрадены». Захватив город, каратели встретили в нем со стороны жителей открытую враждебность. Тот же Муфель писал: «…все в Самаре жители более оказывают суровости, нежели ласки», а «самарское духовенство всемилостивейшую нашу государыню в поминовении из эктений исключило».
4 января в Самару прибыл Гринев с командой. Он, Муфель и Державин два дня наводили в городе порядок. Всех виновных во встрече повстанцев (в соответствии с предписанием Бибикова Державину от 29 декабря) велено было направлять в Казань, «а некоторых для страху жестоко на площади наказать плетьми при собрании народа, приговаривая, что они против злодеев должны пребыть в твердости и живота своего, как верные подданные, щадить не долженствуют». Жителей приводили к присяге, брали у них подписки о верности императрице, о том, что Пугачева и восставших будут почитать за злодеев, изменников и разбойников. Местных священников (девять человек), виновных в склонности к мятежникам, Державин арестовывать не стал, поскольку это остановило бы церковную службу. Он опасался, что арестом «не подложить бы в волнующийся народ, обольщенный разными коварствами, сильнейшего огня к зловредному разглашению, что мы, наказуя попов, стесняем веру». Главнокомандующий одобрил подобный шаг, и по его требованию Вениамин, архиепископ Казанский, послал в Самару новых священнослужителей. И только тогда самарских попов отослали в Казань.
В ночь на 7 января Гринев с отрядом двинулся к Алексеевску. Утром его встретили восставшие (2 тысячи человек) во главе с Араповым и Чулошниковым. Бой шел весь день 8 января. Повстанцы атаковали врага со всех сторон. И те и другие стреляли из пушек. Каратели, отбивая атаки, продвигались вперед. Нанеся немалые потери защитникам «пригорода», они в конце концов взяли Алексеевск, захватив три орудия. Последовали наказания плетьми, приведение к присяге.
9 января в три часа утра Гринев двинул свои части еще дальше к северу — на Черный Яр, где как будто собрались ставропольские калмыки. Но оказалось, что они вместе с ханшей Дербетевой, атаманами Араповым и Чулошниковым ушли вверх по реке Кинель.