Около крепости мало-помалу возник новый город, который был резиденциею православного епископа от времен Константина Великого до взятия города сарацинами и (арабами) в 636 году. Крестоносцы восстановили христианское епископство, но уже латинское, подчинив оное митрополиту Кесарийскому. Но по изгнании из Святой Земли крестоносцев Бибарс, султан египетский, в 1268 году разрушил крепость и все христианские драгоценности, какие только нашел в Яффе, употребил на создание мечети. С тех пор Яффа сделалась городом мусульманским. Один из поклонников XVI века описывает современное ему положение Яффы так: «Город этот перед тем стоял на горе, а теперь все разрушено кроме одной башни, в которой живет стража. На морском берегу есть несколько древних жилищ, в которых мы укрылись». С XVI века Яффа очень оправилась. Турки построили там цитадель, которую взяли французы в 1799 году, а последний раз прославил имя Яффы первый консул Французской республики Наполеон Бонапарт, посещавший в бытность свою в этом городе зараженные моровым поветрием госпитали. Местные жители и до сих пор вспоминают имя гениального полководца, указывая на карантинные здания, где помещался тогда французский госпиталь. Наконец, в 1832 году египетский военачальник Ибрагим-паша занял Яффу, а по выступлении его из Сирии древняя Иоппия возвратилась под турецкое правление, ничем особенным для нее не замечательное.
Нынешняя Яффа, если смотреть на нее с моря, лежит на красивом холме, подножие которого как бы тонет в воде, а вершина увенчана зеленью. Сады служат в этой картине за террасы; над ними высятся полукруглые купола домов и наконец минареты, верхи которых купаются в прозрачной и теплой атмосфере. Город построен амфитеатром, довольно велик; в нем считается около шести тысяч жителей одних мусульман-арабов. Число христиан всех вероисповеданий не превышает пятисот человек. Опоясан старыми стенами, на которых стоят еще кое-где не менее старые орудия. В главных городских воротах и нескольких прилежащих улицах, которые составляют базары, довольно движения, зато остальные мертвы и пусты. Улицы состоят из каменных домов, но грязны и нечисты. Крыши домов – то совершенно плоские, то с куполами. Мечетей несколько, но ни одна не отличается изяществом архитектуры. Одежда мужчин, как и всех арабов-горожан: халат, а сверху плащ абба и на бритой голове чалма; зато по убору женщин тотчас можно узнать, что яффское народонаселение родственно с египетским. Они носят тунику голубого цвета, сверху длинные покрывала, обыкновенно белые, а лицо закрывают черной маской, прикрепленной ниже глаз металлическим обручем, идущим поверх головы через лоб, подобно женщинам в Каире. Глаза их обыкновенно болезненные, ибо здесь сильно царствует офтальмия (воспаление глаз). Но вот пароход наш окружили арабские магоны (лодки), гребцы которых с трудом держатся за пароход, шумят и спорят, зазывая к себе наперерыв пассажиров. Советуем не торопиться, ожидая распоряжения командира парохода и прибывшего из города вице-консула и с ним агента нашего пароходного общества. Тяжелые вещи будут нагружены в одну большую барку и в целости доставлены на пристань, а легкие, как-то: узлы, дорожные мешки и котомки – можно взять с собою на руки. Садиться на лодку при малейшем волнении так же трудно, как и въезжать в порт не безопасно даже для привычных арабских лодок, ибо пристань Яффская совершенно открыта и морские волны с шумом и пеною постоянно перебрасываются через преграду, которая, как говорят, некогда составляла мол, а теперь эти развалины едва лишь обозначают линию порта торчащими под водою обломками подводных стен; благодаря им волнение в порте еще сильнее, нежели в открытом море; гребцам надобно улучать способную минуту, чтобы с попутным валом попасть в порт через отверстие в несколько аршин ширины; при малейшей неосторожности или неловкости можно удариться о подводные камни. Здесь-то во всей своей силе выказывается искусство арабских лодочников, которые, подъезжая к проходу между камнями, начинают грести дружнее и сильнее и, управив лодку на хребет попутного вала, вдруг оставляют весла, и вал быстро переносит магону сквозь узкие ворота, за которыми мгновенно утихает ярость волн.