Ведущей сферой деятельности иезуитов является образование, в развитии которого они достигли небывалых успехов и благодаря которому они контролируют интеллектуальные элиты, государственных деятелей и высшего, и среднего уровня. Сегодня они издают более 1100 журналов, которые читают более 40 млн. человек, руководят 195 университетами во всём мире, среди которых Папский Григорианский университет в Риме, Сент-Луисский, Фордхэмский и Джорджтаунский университеты в США (где действует единственная в США Школа дипломатической службы) и др. Это позволяет им выдвигать своих людей на ключевые посты в государственных структурах не только Европы, но и США. Достаточно напомнить, что иезуитские частные высшие учебные заведения закончили бывшие руководители ЦРУ У. Кейси (Фордхэмский университет), Д. Тенет (Джорджтаунский университет), Р. Гейтс (Джорджтаунский университет) и Л.Э. Панетта (университет Св. Клары). Выпускником Фордхэмского университета является и нынешний директор ЦРУ Джон Бреннан.
Укрепление позиций ордена и его генерала, рассматривавшихся как важнейший инструмент в руках Св.Престола, со временем позволило иезуитам добиться автономии и начать контролировать уже сам Св.Престол и решения понтифика, проникать в правительственные структуры различных стран мира и наднациональные теневые организации, осуществляя под видом приспособления католического учения к реалиям жизни формирование единой мировой религии. Напомним, что именно иезуит кардинал Августин Беа, входивший в круг ближайших советников папы и возглавлявший партию прогрессистов, сыграл решающую роль в экуменическом перевороте на Втором Ватиканском соборе (1962-1965). Благодаря личным связям и контактам этого влиятельного масона и теолога-модерниста (возглавлял иезуитский Международный исследовательский центр, Папский Григорианский университет), произошло сближение Св.Престола с иудейскими организациями (Всемирным еврейским конгрессом, Бнай Брит), завершившееся полным пересмотром христианского учения об иудаизме, означавшим фактически переход на позиции иудео-христианства.
О теневой стороне деятельности ордена уже в наше время (во времена правления Павла VI и Иоанна Павла II) специальные работы были написаны бывшим иезуитом Альбертом Ривера и бывшим епископом Жераром Буффаром. Именно последний, в течение 6 лет отвечавший за переписку между папой и руководством иезуитов, назвал общество «настоящим духовным контролёром» нового мирового порядка, работающим на создание сетевого транснационального правительства. Об этом же говорят и исследования таких авторов, как Бил Хьюз («Разоблачённый враг» и «Тайна террористов») и Эрик Джон Фелпс («Убийцы Ватикана»). Э.Д.Фелпс, в частности, утверждает, что через папскую иерархию орден иезуиты контролируют «Опус Деи», куда входят влиятельные бизнесмены и политические деятели, ориентирующиеся на Ватикан, и Мальтийский орден, который является одним из наиболее влиятельных католических орденов, тесно связанный с масонскими ложами и имеющий свои ответвления в различных сферах: бизнесе, политике, спецслужбах, образовании, армии (достаточно вспомнить таких рыцарей Мальтийского ордена, как бывшие директор ЦРУ Уильям Кейси, его заместитель Вернон Уолтер и госсекретарь США Александр Хэйг).
Надо сказать, что в начале понтификата Бенедикта ХVI отношения ордена со Св.Престолом были сложные. Понтифик предпочитал опираться на консервативную конгрегацию «Легионеры Христа». Иезуиты же оставались на втором плане. Известно даже, что были составлены «чёрные списки» 250 иезуитских теологов, которым было запрещено преподавать в некоторых университетах. И только падение авторитета «Легионеров Христа» (как следствие уже указанного нами скандала) и усиливающаяся «закрытость» «Опус Деи» способствовали определённому восстановления позиций Общества Иисуса, что проявилось в назначении в 2006 г. директора Радио Ватикана иезуита Фредерико Ломбарди главой пресс-службы Св.Престола. С приходом к власти в ордене в 2008 г. нового генерала Адольфо Николаса также способствовало улучшению отношений с папой, однако, как признавались некоторые иезуиты, всё равно они «не ощущали себя швейцарскими гвардейцами» и не склонны были рассматривать свой традиционный обет верности папе как синоним слепого подчинения.