Свою деятельность орден сконцентрировал изначально на трёх направлениях, которые и сегодня определяют его влияние: образование, миссионерская деятельность и исповедь. Соответственно, иезуиты прославились и славятся до сих пор как учителя, миссионеры и духовники, выступая одновременно в качестве агентов Ватикана и спецслужб. Успехом в своей миссионерской деятельности они обязаны тем, что выработали уникальный, характерный только для них метод культурной адаптации и мимикрии, позволяющий им проникать в организации любых религиозных конфессий и приспосабливаться к любым социально-культурным условиям. Именно они разработали наиболее гибкие методы работы с Православными церквами. Особенно на этом поприще прославился французский иезуит Михаил д'Эрбиньи, вставший во главе Комиссии Pro Russia, созданной в 1925 г. при Конгрегации для Восточной церкви в целях подготовки кадров священнослужителей, приемлемых для советской России. При этом особое значение придавалось криптокатолицизму (тайному католицизму), в соответствии с которым на патриарший престол в России планировалось возвести епископа, тайно давшего присягу папе, то есть тайно перешедшего в католичество. Криптокатолицизм удобен тем, что не требует формального разрыва с Православной церковью. Он предполагает негласное принятие духовного лица в сущем сане в лоно католицизма, то есть в евхаристическое общение и иерархическую связь с римским епископом, и продолжение его служения в Православной церкви с целью постепенного насаждения среди прихожан симпатии к Святому престолу и католическому учению.
В целях достижения эффективности их деятельности иезуитам разрешатся вести светский образ жизни, не афишировать свою принадлежность к ордену, пользоваться широкими привилегиями и нести ответственность только перед своим руководством. Так что они легко проникают в масонские и другие оккультные структуры.
Визитной карточкой ордена стала знаменитая иезуитская мораль, исходящая из приспособительной теологии, позволяющей произвольно толковать основные религиозно-нравственные требования и подстраиваться под воззрения и нравы людей любого времени и места, оправдывая любой безнравственный поступок, если таковой не составляет главную цель — положение, известное как «цель оправдывает средства». Именно в системе «нравственного богословия» иезуитов, воспитавших целые поколения представителей европейской католической (и не только — вспомним об известных просветителях) элиты, можно найти истоки той «двойной морали», которая стала одним из ключевых принципов западной дипломатии и удобным оружием отстаивания интересов западных правящих кругов в мировой политике. Именно поэтому слово «иезуит» приобрело переносное и крайне негативное значение в сознании русского народа. И как бы ни пытались отдельные сторонники православно-католического «диалога» преодолеть исторически сложившиеся среди православных верующих крайне отрицательные представления об иезуитах (а об этом, в частности, говорилось на встрече в Москве в июле 2010 г. замглавы ОВЦС игумена Филиппа (Рябых) с генеральным настоятелем ордена иезуитов Адольфом Николасом), добиться этого они никогда не смогут.
Ведущей сферой деятельности иезуитов является образование, в развитии которого они достигли высочайшего уровня и благодаря которому они контролируют интеллектуальные элиты, государственных деятелей и высшего и среднего уровня. Сегодня они издают более 1100 журналов, которые читают более 40 млн. человек, руководят 195 университетами во всём мире[9], среди которых Папский Григорианский университет в Риме, Сент-Луисский, Фордхэмский и Джорджтаунский университеты в США (последний является единственной в США дипломатической школой) и др. Это позволяет им выдвигать своих людей на ключевые посты в государственных структурах не только Европы, но и США. Достаточно напомнить, что иезуитские частные высшие учебные заведения закончили бывшие руководители ЦРУ У. Кейси (Фордхэмский университет), Д. Тенет (Джорджтаунский университет), Р. Гейтс (Джорджтаунский университет) и Л.Э. Панетта (университет Св. Клары). Выпускником Фордхэмского университета является и нынешний директор ЦРУ Джон Бреннан.