В 1825 году умер старец Афанасий. Отца Макария, достигшего тридцативосьмилетнего возраста, назначили настоятелем обители и духовником ближайших монастырей.
Отец Макарий, искренний последователь старца, чувствовал себя духовно осиротевшим, тосковал без учителя и испытывал острую необходимость в наставнике. Словно в ответ на его молитвы, в Площанскую пустынь явился старец Лев с учениками. Он уступал старцу Афанасию в образованности, но был твердым последователем Паисия Величковского. Старец Лев считал отца Макария равноправным сотоварищем в монашеском служении, но, уступая смиренным просьбам отца Макария, все же согласился считать его своим учеником.
Их совместное служение в Площанской пустыни длилось недолго. По просьбе настоятеля Оптиной пустыни игумена Моисея отец Лев переселился в Оптину. Но между ними велась интенсивная переписка, да и духовная связь старца Льва и отца Макария не прерывалась. В 1834 году учитель и ученик воссоединились: отца Макария тоже пригласили в Оптину пустынь.
В 1836 году отец Макарий был назначен духовником монастырской братии, а через три года, после отъезда отца Антония в Малоярославецкую обитель, становится начальником скита. При этом он остается послушником старца Льва, которому полностью вверяет свою волю, не предпринимая что-либо без его благословения.
Современники восхищались: «Поучительны и назидательны были отношения между двумя старцами – отцом Львом и отцом Макарием. Умилительно было видеть единодушие и взаимную любовь двух старцев».
Игуменья Павлина, ученица обоих старцев, вторила: «Сидят они, как Ангелы Божии, рядом, а мы стоим перед ними на коленях и двум открываем свои души – как бы одному. Поистине в них были сердце и душа едины».
Оба великих оптинских старца, Макарий и Лев (Леонид), являли собой образец кротости и смирения. Отец Иларион вспоминал: «Бывало, пожалуюсь ему (отцу Леониду) на батюшку отца Макария, и отец Леонид при мне же сделает ему выговор для того, конечно, чтобы кротость и смирение батюшки Макария послужили мне примером, когда я вырасту из духовного малолетства. А я, по малой моей тогда духовной опытности, еще не мог понять смысла сего и доволен был, что отец Леонид батюшку отца Макария обвинил, а меня оправдал».
Семь лет преподобные старцы Лев и Макарий руководили духовной жизнью оптинской братии и тысяч прихожан и паломников. Вместе они взрастили великого духовного старца Амвросия.
У отца Льва учился отец Макарий любовному отношению ко всяким убогим и страждущим физически и духовно, учился в меру сил своих целить их недуги, не гнушаться ничем, кроме греха.
Известен случай, когда к старцу Макарию привели бесноватого, который ранее ничего о старце не знал и никогда его не видел. Увидев приближающегося старца, бесноватый бросился к нему с криком: «Макарий идет! Макарий идет!» – и ударил его по щеке. Старец тут же подставил ему другую щеку. Больной так и рухнул без чувств на пол. Очнулся он исцеленным – бес покинул тело его, не смог пересилить великого смирения старца.
Старец Макарий оставался возле отца Льва до самой смерти своего наставника, подавая монахам пример удивительного смирения перед духовным авторитетом старца. Старец Лев умер в 1841 году, кончина его глубоко потрясла душу преданного ему ученика. После смерти старца Льва вся тяжесть духовного руководства, старческого служения и многочисленные заботы о благоустройстве скита легли на плечи старца Макария.
Из года в год день старца шел по однажды заведенному распорядку. Вставал отец Макарий в два часа ночи или утра – каждый считает по-своему – при ударе скитского монастырского колокола, часто сам будил своих келейников и прочитывал утренние молитвы. В шесть утра выпивал одну-две чашки чая и шел принимать посетительниц: женщин отец Макарий принимал за воротами скита в особой келье. С девяти утра первые посетители приходили в его келью. Чаще всего это были люди простого звания: крестьяне, мещане, мастеровые. Они терпеливо ждали выхода старца в приемную. Каждому он давал советы и наставления, всегда различая характеры, уровень духовного состояния страждущих.
Врачуя души, он исцелял и тела, используя для этих целей масло из своей неугасимой лампады. Засвидетельствовано немало случаев исцеления больных. Особенно удавалось ему лечение бесноватых.