5 декабря 1938 года Политбюро дало Ежову указание сдать дела по НКВД Берии в присутствии Андреева и Маленкова. К процедуре следовало приступить 7 декабря и завершить ее в недельный срок{705}. Для Ежова это был мучительный процесс. Каждый день на Лубянке собиралась комиссия, выслушивала отчеты глав отделов центрального аппарата НКВД и фиксировала все злоупотребления. Ежов должен был присутствовать при работе комиссии, но, по словам Анатолия Бабулина, он всячески уклонялся от этого, звонил в ЦК и Берии, говоря, что плохо себя чувствует и не может прийти. Ежов пил, но был совершенно здоров, тем не менее «каждый раз когда ему нужно было выезжать на заседания комиссии, нервничал, ругался похабной бранью, оттягивал выезд и в конце концов оставался дома, отдавая все свободное время пьянству и разврату с разными женщинами легкого поведения»{706}.
Работа комиссии продолжилась до 10 января, на свет выплыло много злоупотреблений и нарушений. Постепенно скопился материал и на самого Ежова. Выяснилось, что вопреки действующим инструкциям он собирал горы компромата, но Сталина об этом не информировал. Понимая, что вина за перегибы в массовых репрессиях будет полностью свалена на него, он предпринял усилия для «расчистки» личного архива. Как потом показал на допросе Евдокимов, в узком кругу Ежов говорил, что не желает нести ответственность за массовые аресты и во всем обвинял партийное руководство, ссылаясь на указания сверху; по этому поводу он часто вспоминал поговорку «воля божья, а суд царев»{707}. Под «богом», конечно, имелся в виду Сталин, задающий общие идеологические установки, а «царем» — проводником его воли, — был сам Ежов. Он хорошо понимал, что, хотя и был всего лишь усердным исполнителем указаний партийного руководства, винить будут его, а не Сталина. Приводя в порядок архивные папки НКВД, он с особой тщательностью разобрал так называемый «Особый Архив», включавший компромат, пользоваться которым он пока не спешил. Это были в основном материалы на чекистов, но среди них содержались доносы и на партийных функционеров. Таким образом, многие из них были у Ежова в руках. И эти материалы не всегда доводились до сведения Сталина.
Как-то в конце августа Дагин увидел на столе Ежова картотеку и большую стопку папок. Прочитывая бумаги, Ежов рвал их и выбрасывал в мусорную корзину. Дагин понял, что он уничтожал «компрометирующие данные на сотрудников». Это была «расчистка материалов, припрятанных в свое время в Секретариате НКВД, расчистка и уничтожение», и работа эта продолжалась изо дня в день[80]. Глава Секретариата НКВД И.И. Шапиро тоже постепенно избавился от бумаг, некоторые из них он направил в оперативные отделы, другие уничтожил. Но опись Особого Архива попала в руки Берии, который доложил Сталину, что Ежов уничтожил материалы, касающиеся видных политических деятелей. Берии было легко доказать, что работники аппарата НКВД, которые, согласно имеющимся свидетельствам, скомпрометировали себя, такие как, например, Люшков, не были арестованы или уволены, а, наоборот, пользовались покровительством Ежова. Другими словами, он спасал «врагов» от разоблачения.
27 ноября Ежов по распоряжению Сталина передал ему через его секретаря Поскребышева пакет с описанием материалов из Секретариата НКВД. В черновике, сохранившемся в бумагах Ежова, его рукой написано, что донесения датированы августом и сентябрем предыдущего года, но когда он в сентябре-октябре впервые открыл папку, то понял, что о многом ему даже не докладывали. Тогда Ежов дал указание положить большую часть дел в архив, но извлек материалы, касающиеся Андреева, Берии, Фриновского, Хрущева, Маленкова, Поскребышева и Вышинского. К черновику прилагался перечень, содержащий более сотни имен политических руководителей, чекистов и т. п., с указанием характера компромата (например, доносы о подозрительных связях с арестованными). В некоторых донесениях упоминались такие ответработники, как Андреев, Багиров, Берия, Булганин, Чубарь, Фриновский, Ярославский, брат Кагановича Михаил, Хрущев, Косарев, Литвинов, Маленков, Мехлис, Микоян, Поскребышев, Постышев и Вышинский. Ежов отметил, что многие материалы были в свое время переданы в ЦК{708}.