После установления контроля над чисткой в партии в январе 1938 года Сталин в середине ноября того же года подписывает постановление, содержащее критику методов, которыми пользуется НКВД. Массовым операциям положен конец. Через неделю Ежов посылает Сталину письмо с просьбой об отставке. Отставка принята, вместо него главой госбезопасности назначается Берия. После 23 ноября Сталин больше не принимает Ежова. Но петля еще не затянута. Ежову пока оставили пост наркома водного транспорта, и 21 января 1939 года он все еще неподалеку от Сталина на траурной церемонии в память о Ленине. В проекте акта о передаче полномочий по руководству НКВД от 29 января вычеркивается, очевидно, по указанию Сталина, предложение рассмотреть вопрос о партийности Ежова. В тот же день Ежов еще присутствует на заседании Политбюро, но это заседание становится для него последним. Он не был избран делегатом на XVIII съезд партии, состоявшийся в марте 1939 года, выступить на котором ему тоже не дали. После жесткой критики Сталиным Ежова не переизбрали в состав ЦК. После съезда его лишили всех партийных должностей. В апреле последовал арест Ежова. Он не смог вынести пыток и во время следствия признался во всем: в шпионаже, во вредительстве, в заговорщической деятельности, в терроризме, в содомии. 3 февраля 1940 года над ним состоялся суд при закрытых дверях; Ежов был приговорен к высшей мере наказания. На следствии, как и на суде, он клялся в безграничной преданности Сталину; он заявил, что будет умирать с именем Сталина на устах. Ежова расстреляли 6 февраля.
Был ли Ежов более или менее самостоятельной фигурой или орудием в руках Сталина? Существует много документальных свидетельств, что во время Большого террора деятельность Ежова тщательно контролировалась и направлялась Сталиным. Сталин редактировал основные документы, подготавливаемые Ежовым, и осуществлял надзор за расследованиями и проведением политических процессов. Например, во время следствия по делу Тухачевского Сталин встречался с Ежовым почти ежедневно. Из журнала регистрации посетителей явствует, что в 1937–1938 годах Ежов посещал кремлевский кабинет Сталина 278 раз и провел в нем суммарно 834 часа. Чаще встречался со Сталиным только Молотов{818}. Как пишет О.В. Хлевнюк, «Ежов вряд ли мог претендовать на роль организатора “Большого террора”, самостоятельного политического деятеля, в сколько-нибудь серьезной мере предопределявшего размах и направление чистки. Ежов был старательным исполнителем воли Сталина, действовал в рамках четких указаний “сверху”. Неизвестно ни одного факта, который хоть в какой-то мере свидетельствовал бы, что Ежов вышел из-под сталинского контроля. От дел Ежов был отстранен в тот момент, который счел целесообразным сам Сталин»{819}. В момент наивысшей славы Ежова назвали «сталинским питомцем». Наверное, в этом и заключался особый дар Сталина — умение превратить исполнительного и простоватого партийного функционера в настоящего злодея и палача, заурядного деятеля в фигуру вселенского масштаба. Как-то Сталин сказал о том, что кадры надо выращивать так же заботливо, как садовник выращивает деревце. И действительно, Ежова Сталин рано окружил заботой, беспокоился о его здоровье, продвигал все выше и выше. В сталинском питомнике Ежов занял особое место. На период его руководства НКВД приходится беспрецедентно огромное число народных жертв. Уж, что-что, а злодеев растить Сталин умел.
И нет никаких указаний на то, что Ежов когда-либо вышел за рамки роли сталинского орудия. После его падения выяснилось, что вразрез с принятой процедурой он собирал компромат на многих ответработников НКВД и партийных органов, не информируя об этом Сталина. Среди бумаг, конфискованных во время его ареста, был даже материал на самого Сталина — дореволюционные донесения жандарма тифлисской полиции и квитанции почтового отделения в Туруханске. Однако это необязательно означает, что Ежов собирал материал с целью доказать принадлежность Сталина к агентуре царской охранки. Эти материалы могли быть предназначены для музея Сталина.