Вскоре его назначают председателем комиссии ЭПРОНа (экспедиция подводных работ особого назначения) по подъему эсминца «Калиакрия». Но Иван Степанович старался, желая получить блестящие аттестации, чтобы попасть в число командиров, из которых формировали экипажи для похода советских кораблей в Италию (уж очень выгодное мероприятие – попасть за границу), но перед выходом он слег в госпиталь… После выздоровления его направили на должность помощника начальника штаба береговой обороны Черного моря. Вот как стремился служить на кораблях, что попал служить на берег, да еще на штабную работу! А через полгода его перевели в штаб Морских сил Черного моря. Вначале Исаков был помощником, затем начальником Оперативного отдела штаба флота. После чего он больше не оставлял штабных кабинетов, считая их «главными каютами боевых кораблей»…
В 1927–1928 гг. И. С. Исаков – слушатель Курсов усовершенствования высшего начсостава при Военно-морской академии РККА имени К. Е. Ворошилова. По окончании которых стал заместителем начальника штаба ЧФ по оперативной работе. В начале первой пятилетки из Москвы прибыла комиссия бывшего царского контр-адмирала, а ныне флагмана 1-го ранга Немитца, и специалистов для определения боевых возможностей Азовского и Черного морей. Так получилось, что Исакова временно включили в штаб этой комиссии, которая обследовала берега двух морей. По возвращении в Севастополь Исаков занялся обобщением обследования; его письменный труд не без помощи ответственных работников в управлении наморси республики получил признание… Только против подобного признания резко возражал Немитц. Но мнение царского адмирала было расценено как контрреволюционное; и даже спустя более 20 лет Исаков, проявляя мстительность, не забудет это ставшему уже вице-адмиралом советского флота Немитцу.
После беседы с видным штабным руководителем и ученым Борисом Михайловичем Шапошниковым Исаков был направлен в Оперативное управление Главного штаба РККА, которым руководил известный теоретик штабной работы Владимир Кириакович Триандафилов (наст. Триандафилло). Работая в морском секторе, Иван Степанович неоднократно был в командировках в составе комиссий, которые возглавлял командарм 1-го ранга Янкель Гамарник.
С 1932 по 1933-й год Исаков работает старшим преподавателем кафедры стратегии и оперативного искусства ВМА, где подготовил курс лекций «
«Ученый» Исаков разрабатывал труд «