Корабли Черноморского флота продолжали обеспечивать морские перевозки вдоль Кавказского побережья; по 550-км пути доставлялись на фронт пополнение, вооружение, боеприпасы и продовольствие. За апрель – декабрь 1943 года боевые корабли и транспортные суда перевезли около 100 000 солдат, матросов и командиров, без учета перевозки Отдельной Приморской армии на Керченский полуостров. А также более 220 тонн грузов, танки, бронемашины, автомашины и др.
На морских коммуникациях действовали торпедные катера, совершившие в 1943 г. более 2500 выходов. Командовал катерами 1-й бригады капитан 1-го ранга А.М. Филиппов, 2-й бригады – капитан 2-го ранга В.Т. Проценко. При этом катера 2-й бригады были вооружены реактивными установками.
На ближние коммуникации противника совершали набеги и корабли Черноморской эскадры.
В феврале и марте крейсер «Ворошилов», лидер «Харьков», эсминцы «Беспощадный», «Незаможник» и «Сообразительный», сторожевой корабль «Шквал» провели 12 ночных походов в поисках судов противника.
22 февраля лидер «Харьков» и эсминец «Сообразительный» при поддержке наступления 18-й армии выпустили 358 снарядов.
1 мая эсминцы «Беспощадный», «Железняков» и сторожевик «Шторм» обстреляли аэродром Анапы. 14 мая тот же аэродром обстреляли лидер «Харьков» и эсминец «Бойкий», выпустив 235 снарядов. Удары по аэродрому 21 августа наносили сторожевики «Шторм» и «Шквал».
Ночью 6 октября 1943 г. лидер «Харьков» и эсминцы «Беспощадный» и «Свободный» совершали
В 6.40 их встретили три истребителя, которым в 8.15 удалось сбить самолет-разведчик люфтваффе. Около 20 минут корабли лежали в дрейфе, пока эсминец «Способный» поднимал на борт двоих немецких летчиков со сбитого разведчика. Не успели они отойти от места падения самолета, как в этот район прилетели восемь «штук» Ю-87 в сопровождении четырех «мессершмиттов». Два «юнкерса» прорвались к лидеру и сбросили бомбы, после попадания в корму «Харьков» потерял ход. При следующих попаданиях был разрушен корпус корабля. Негода приказал командиру эсминца «Способный» взять поврежденный лидер на буксир, но буксирный трос неоднократно обрывался… Еще не единожды на протяжении дня советские корабли были атакованы самолетами люфтваффе. В 14.30 точным ударом был уничтожен эсминец «Беспощадный», в 15.37 погиб лидер «Харьков», в 18.35 волны Черного моря сомкнулись над эсминцем «Способный» и его экипажем. Погибло более 700 человек, спаслось лишь 123.
О потере трех кораблей доложили Верховному, и вскоре появилась директива Ставки, запрещающая использование кораблей 1-го и 2-го рангов до особого распоряжения. Так они и простояли до конца войны в базах, ожидая «особого приказа» Сталина, который должен был бы донести Лев Захарович Мехлис до командующего ЧФ в случае изменения обстановки. Впрочем, речь об этом уже велась; к счастью, тайная миссия, возложенная на Черноморский флот, не состоялась – иначе смертей было бы во много крат больше.