Воробьев Сергей Ильич, генерал-полковник береговой службы — 22.06.1941 — 03.09.1945.
Начальники Главного морского штаба:
Исаков И. С., адмирал — 22.06.1941 — 03.07.1942;
Алафузов Владимир Антонович, адмирал — 03.07.1942 — 16.03.1943 и 22.07.1944 — 13.04.1945 (креатура Л. П. Берия);
Степанов Георгий Андреевич, вице-адмирал — 16.03.1943 — 21.07.1944 (креатура Л. П. Берия);
Кучеров Степан Григорьевич, адмирал — 27.04–03.09.1945.
Начальники оперативного управления:
Алафузов В. А., контр-адмирал — 22.06.1941— 17.03.1943;
Богденко Валентин Лукич, контр-адмирал — 17.03.1943— 05.08.1944;
Зозуля Федор Владимирович, контр-адмирал — 05.08. — 12.09.1944;
Кучеров С. Г., вице-адмирал — 12.09.1944 — 27.04.1945;
Харламов Николай Михайлович, вице-адмирал — 27.04— 3.09.1945.
Начальник организационно-мобилизационного управления:
Бабин Пантелеймон Иванович, генерал-майор береговой службы — 22.06.1941—03.09.1945.
Начальники разведывательного управления:
Зуйков Николай Иванович, контр-адмирал — 22.06. — 11.09.1941.
Воронцов Михаил Александрович, контр-адмирал — 11.09.1941—10.04.1945 (по не уточненным сведениям — потомок князя и графа Воронцова);
Филипповский Александр Александрович, капитан 1-го ранга—10.04. — 09.05.1945 и 09.08.—03.09.1945;
Румянцев Александр Михайлович, капитан 1-го ранга — 09.05–09.08. 1945 (по не уточненным сведениям — потомок графа и генерал-фельдмаршала Русской армии П. Румянцева).
Начальник управления военных сообщений:
Кечетжи Николай Константинович, генерал-майор береговой службы — 22.06.1941—03.09.1945.
Начальники отдела внешних коммуникаций:
Сендик Иосиф Моисеевич, капитан 1-го ранга — 06.10.1941—13.12.1944;
Сергеев Николай Дмитриевич, капитан 1-го ранга — 13.12.1944—30.08.1945.
Начальники исторического отдела:
Круглов Владимир Ильич, генерал-майор береговой службы — 22.06–16.08.1941 и 05.09.1944—03.09.1945 (креатура Л. П. Берия; исполнитель воли советских историков, создавших капитальные труды по теме: история Русского государства и становления советской державы, — в которых обвинили царизм в жестокой эксплуатации народов, а также заодно и в разрушении Русского флота, в результате чего он проиграл Крымскую войну и войну с Японией… В сложившейся сложной обстановке в июле-сентябре 1941 г. многим деятелям «новой исторической науки» стало не по себе в Ленинграде и Москве, и они, зная, как гестапо поступает с евреями, покинули обе бывшие русские столицы для дальнейшей «творческой деятельности» в столице советского Узбекистана Ташкенте. Подал рапорт с занимаемой должности и начальник исторического отдела Круглов В. И. Именно в то время нарком ВМФ принял решение поставить на должность руководителя исторической службы капитана 2-го ранга Ивана Николаевича Быкова, но не суждено было этому офицеру стать ведущим историком флота… После того, как утрясутся события на фронтах и в столице, «выдающиеся» советские деятели науки, в том числе и Владимир Ильич Круглов, вновь возвратятся на свои «исторические» должности.);
Быков Иван Николаевич, капитан 2-го ранга — 16.08–30.10.1941;
Бологое Николай Александрович, контр-адмирал — 30.10.1941—20.07.1943;
Долинин Михаил Михайлович, контр-адмирал —20.07.1943 — 05.09.1944.
Начальники управлений боевой подготовки:
Харламов Н. М., вице-адмирал — 22.06. — 20.07.1941 и 27.04.1945;
Кузнецов Константин Матвеевич, капитан 1-го ранга — 25.07–03.09.1941;
Ставицкий Сергей Петрович, вице-адмирал— 03–25.09.1941 и 17.03.1942—20.11.1944;
Коренев Константин Юлианович, контр-адмирал — 25.09.1941 — 17.03.1942;
Грен Иван Иванович, вице-адмирал — 27.04–03.09.1945.
Начальник управления связи:
Гаврилов Виктор Михайлович, инженер — вице-адмирал — 22.06.1941 — 03.09.1945 (эту кандидатуру нарком лично утвердил у Сталина, и вопросов у Генсека не возникло);
Исаченков Николай Васильевич, инженер-вице-адмирал — 22.06.1941 — 03.09.1945.
Начальники артиллерийского управления:
Акулин Михаил Иванович, контр-адмирал — 22.06.1941 — 03.1942;
Егоров Владимир Александрович, контр-адмирал — 03.1942—03.09.1945.
Начальник минно-торпедного управления:
Шибаев Николай Иванович, контр-адмирал — 22.06.1941—03.09.1945.
Начальники технического управления:
Орлов Александр Григорьевич, инженер-вице-адмирал — 22.06.1941—28.04.1945;
Савин Александр Николаевич, инженер-контр-адмирал — 22.04–03.09.1945.
Начальники химического управления
Смирнов Сергей Павлович, капитан 1-го ранга — 22.06.1941—09.1942;
Романов Борис Иванович, контр-адмирал — 09.1942 — 03.09.1945.