Конечно, даже в этот весьма благоприятный период у советской разведки стали появляться серьезные проблемы. Помимо политических причин, были и чисто оперативные. Одной из них стала та, что контрразведывательные службы США и Англии, занимавшиеся во время войны борьбой с германским и японским шпионажем, оказались вдруг освобожденными от этих обязанностей и все свои силы бросили на борьбу с новым врагом — Советами. Немалый ущерб нанесли перебежчики: И. Гузенко, Э. Бентли, У. Чемберз. Сыграла свою роль и операция «Венона» — расшифровка советских шифров и кодов американскими и английскими специалистами. Наконец, многие агенты потеряли свои выгодные позиции в связи с послевоенной реорганизацией и сокращением американских и английских военных и политических ведомств, штатов и т.д.
Но печально, что наряду с этими объективными причинами появились и чисто субъективные — перестройка и перетряска советских разведывательных органов, проведенная по прямому указанию Сталина.
Огромный бессистемный поток информации, поступавший к Сталину из различных разведывательных органов, и печальные уроки 1941 —1942 годов привели его к мысли о создании информационно-аналитических подразделений.
Еще во время войны, 7 декабря 1943 года, в Первом Управлении НКГБ был создан ИНФО, первым начальником которого стал опытный разведчик М.А. Аллахвердов. За годы войны отдел вырос до 129 человек. Его задачами стали: аналитическая обработка и реализация агентурных материалов по политическим и экономическим вопросам; определение достоверности и оценка получаемых разведывательных материалов на основе систематического изучения, сопоставления и сравнительного анализа сообщений различных источников; содействие улучшению качества информации, поступающей из резидентур; глубокое изучение внутренней и внешней политики зарубежных государств; подготовка и выпуск документов о деятельности, структуре и методах работы иностранных разведорганов.
Что касается информационного отдела (с конца 1940-х годов — управления) ГРУ, то он был создан еще в начале 1920-х годов, и в начале Второй мировой войны в нем трудились 74 офицера. Однако накануне войны этот отдел, а точнее, реализация его трудов, не оправдали себя. В дальнейшем же поступавшая из ГРУ информация, касавшаяся в основном чисто военных проблем, не всегда могла удовлетворить Сталина, тем более на заключительной стадии войны и в послевоенный период.
Наученный горьким опытом кануна Великой Отечественной войны, когда разрозненная информация разведслужб не создавала полной картины оперативной обстановки, Сталин пришел к выводу о необходимости создания единого центра. По его замыслу, центр должен был собирать, сводить воедино и анализировать всю разведывательную информацию, поступавшую от внешней разведки, ГРУ и МИДа.
30 мая 1947 года правительство приняло постановление о создании Комитета информации (КИ) при Совете Министров СССР. Однако вполне здравая идея создания единого аналитического центра была реализована неверно. Разведывательные службы МГБ и Министерства обороны были слиты в единый орган. Его возглавил Молотов, который в это время был заместителем Председателя Совета Министров СССР и одновременно министром иностранных дел, так что вся информация, поступавшая по линии МИДа, также концентрировалась в КИ, а внешняя разведка, по существу, превратилась в придаток МИДа.
Представителями Комитета информации на местах (то есть главными резидентами) были назначены послы СССР, а их заместителями — резиденты бывшего ПГУ и ГРУ.
Но в структуре МГБ и Военного министерства были оставлены специальные службы разведки и диверсионной деятельности на случай локальных военных конфликтов или большой войны.
Сталин (решение Политбюро от 9 января 1950 года) согласился с инициативой министра Госбезопасности Абакумова о создании в рамках его ведомства специальных бюро № 1 и № 2. Бюро № 1 должно было заниматься подготовкой и проведением диверсий на важных военно-стратегических объектах и коммуникациях на территории главных агрессивных государств — США и Англии — и на территории других капиталистических стран, используемых главными агрессорами против СССР, а также «…активных действий (актов террора) в отношении наиболее злобных и активных врагов Советского Союза из числа деятелей капиталистических стран,
К счастью, услуги указанных выше «бюро» не потребовались, и после смерти Сталина они были упразднены.
В известной степени создание КИ на начальном этапе способствовало повышению эффективности работы разведки. В то же время объединение разных ведомств в рамках одного органа (включая не только их информационную, но и оперативную деятельность) затрудняло, а иной раз делало невозможным руководство этими ведомствами.