Личный состав команды организовывал и принимал участие в массовом уничтожении жителей Киева в Бабьем Яре. Их жертвами стали свыше 33 тыс. человек.
Зондеркоманда 4Б. Зондеркоманду 4Б последовательно возглавляли штурмбанфюреры СС Герман Гюнтер (1941), Брауне Фриц (1941–1942), Хенш Вальтер (1942), Майер Август (1942), Зур Фридрих (1942–1943), Краузе Вольдемар (1943–1945). Командой уничтожено свыше 6 тыс. человек.
Айнзатцкоманда 5. Органом последовательно руководили оберфюрер СС Шульц Эрвин (1941) и штурмбанфюрер СС Майер Август (1941–1942).
Командой уничтожено свыше 46 тыс. человек.
Айнзатцкоманда 6. Действовала в тыловых районах немецкой армии. Начальниками команды последовательно были штурмбанфюреры СС доктор Крогер Эрхард (1941), Мор Роберт (1941–1942), Биберштейн Эрнст (1942), Зур Ф. (1942–1943).
В ноябре 1941 г. команда размещалась в Днепропетровске, с декабря 1941 до лета 1942 г. — в Сталине. В июле-августе 1942 г. оперировала в Таганроге, откуда выбыла в Ростов-на-Дону, сменив там зондеркоманду 10А айнзатцгруппы Д и приняв на связь ее агентуру.
В этот период оперкоманде подчинялась русская вспомогательная полиция, которая занималась выявлением коммунистов, комсомольцев и евреев, ежедневно представляя сведения в оперкоманду. Следствие по делам арестованных велось в городской тюрьме специальной группой следователей: Бляшке, Краузе и Янсен. Они же контролировали русскую вспомогательную полицию и использовали ее оперативный состав для проведения массовых арестов и следствия.
В начале сентября 1942 г. оперкомандой была создана в Ростове-на-Дону школа подготовки агентов для последующей работы на оккупированной территории. Первоначально школа размещалась в бывшем здании управления милиции Ростовской области. У входа в здание висела вывеска «СД 7 Ц 6».
В своем распоряжении команда имела около 30 солдат СС для охраны помещений органа и проведения карательных операции по области.
Обслуживающий персонал органа состоял из коллаборационистов, из которых несколько человек были немцами-колонистами.
Айнзатцгруппа Д
Действовала на правом фланге южной группировки немецких войск на территории Молдавии, Юга Украины, в Крыму и на Кавказе. Руководителем группы первоначально был Отто Олендорф, в апреле 1942 г. его сменил оберфюрер СС Биркамп Вальтер. В состав айнзатцгруппы входило несколько оперативных и особых команд. В каждом из этих подразделений насчитывалось по 150–170 сотрудников, в том числе по 25–30 сотрудников Гестапо. Командам были приданы по взводу полицейских и солдат СС — из них формировались команды для проведения экзекуций.
До вступления на советскую территорию айнзатцгруппа Д располагалась в Румынии, в июне 1941 г. — в Бессарабии (штаб в Кишиневе), зондеркоманда 11А — в Черновицах, зондеркоманда 11Б — в Тирасполе, айнзатцкоманда 12 — в Белгороде-Днестровском (Аккермане) и Измаиле. Впоследствии все эти подразделения двинулись в глубь СССР.
Во время пребывания в Крыму при группе были созданы антипартизанские батальоны и роты крымских татар.
Для координации деятельности всех карательных структур при проведении антипартизанских операций был создан специальный орган под руководством высшего руководителя СС и полиции Крыма оберфюрера СС Гоха. Начальником штаба органа был назначен Эберхардт Хайнце.
В мае 1943 г. айнзатцгруппа Д была переименована в «Кампфгруппу Биркампа», а в июле расформирована. Бывший начальник группы Биркамп был назначен командующим полиции безопасности и СД Кракова, где находился до 1945 г.
Зондеркоманда 10А. Была придана 171-й пехотной Дивизии и 30-му армейскому корпусу. «Прославилась» своими зверствами в Ставрополе, где проводила массовые уничтожения людей.
Начальниками органа были штурмбанфюреры СС Зитцен (1941–1942) и доктор Кристман Курт (1942–1943).
Зондеркоманда 10Б. Придана южной группировке немецких войск, затем 11-й армии. Начальниками команды были штурмбанфюреры СС Перстерер Алоиз (1941–1942) и Едамчик Эдуард (1942–1943).
Зондеркоманда ПА. Действовала при румынской группировке. Начальниками команды последовательно были: штурмбанфюреры Запп Пауль (1941–1942), Бает Герхард (1942), Херземанн Вернер (1942–1943).
Зондеркоманда 11 Б. Также была придана немецкой группировке «Зюд». Начальниками органа были: штурмбанфюреры СС Унглаубе Ханс (1941), Мюллер Бруно (1941), доктор Браун (1941–1942), оберштурбанфюрер Шульц Пауль (1942–1943).
Айнзатцкоманда 12. Действовала в тылу немецких войск на Южной Украине и Северном Кавказе. Начальниками органа последовательно были: штурмбанфюрер СС Носке Густав (1941–1942), штандартенфюрер СС доктор Мюллер Эрих (1942), оберштурмбанфюрер СС Германн Гюнтер (1942–1943).