Непосредственно работу лаборатории курировал министр госбезопасности или его первый заместитель. По поводу этой лаборатории до сих пор ходит много чудовищных слухов.
Проверка, проведенная еще при Сталине, после ареста Майрановского, а затем при Хрущеве в 1960 году, в целях антисталинских разоблачений, показала, что Майрановский и сотрудники его группы привлекались для приведения в исполнение смертных приговоров и ликвидации неугодных лиц по прямому решению правительства в 1937—1947 годах и в 1950 году, используя для этого яды. Мне известно, что подобного рода акции осуществлялись нашей разведкой за рубежом также и в 60— 70-х годах. Об этом говорил и писал генерал-майор КГБ Олег Калугин.
С Валленбергом работали офицеры разведки и контрразведки, под руководством одного из ее руководителей Утехина. Допросы велись следственной частью по уголовному обвинению. Чаще других его допрашивал подполковник Копелянский. Его уволили из органов в 1951 году из-за еврейского происхождения. Хотя участие Копелянского в допросах подтверждено документально — его фамилия значится в тюремном журнале регистрации вызова заключенного на допрос к следователю, — он отрицал это и говорил, что не помнит подследственного с таким именем. Однако по этим записям в журнале видно, что именно Копелянский вызывал Валленберга из камеры на допрос за день до его смерти.
Дело Валленберга к началу июля 1947 года зашло в тупик. Он отказался сотрудничать с советской разведкой и был уже не нужен ни как свидетель тайных политических игр, ни как заложник — Нюрнбергский процесс закончился.
Похоже, Валленберг был переведен в спецкамеру «Лаборатории-Х», где ему сделали смертельную инъекцию под видом лечения (в то же время руководство страны продолжало уверять шведов, что ничего не знает о местонахождении и судьбе Валленберга). Медслужба тюрьмы не имела ни малейшего представления об этом, и его смерть была констатирована в обычном порядке. Однако министр госбезопасности Абакумов, очевидно, осведомленный о подлинной причине смерти Валленберга, запретил вскрытие тела и приказал кремировать его.
Существовала специальная практика кремации тех, кто был уничтожен по особому правительственному решению: вскрытие тела не производилось, прах подлежал захоронению как невостребованный в общей могиле. Позднее власти очень неохотно признали, что прах таких известных людей, как Тухачевский, Якир, Уборевич, Мейерхольд, и других захоронен в этой общей могиле. Крематорий Донского монастыря тогда был единственным, поэтому, возможно, в одной и той же могиле лежит прах моего начальника, друга и наставника Шпигельглаза и одного из руководителей разведки Серебрянского. Весьма вероятно, что прах Валленберга и Берии захоронен там же.
Как следует из воспоминаний бывших сотрудников МГБ— КГБ, журнал специальных записей всех ликвидации со ссылками на соответствующие решения высших инстанций в запечатанном конверте с надписью «без разрешения министра не вскрывать» и грифом «совершенно секретно» после ареста Берии был отправлен Суханову, помощнику Маленкова, заведующему особым сектором Президиума ЦК КПСС. В 1966 году полковник Студников, сразу же после моего ареста сменивший меня в должности начальника по разведывательно-диверсионной работе за границей, его заместитель Гудимович и полковник Василевский подтвердили в ЦК, что этот пакет был изъят из сейфа на Лубянке и передан в особый сектор Президиума ЦК. С тех пор он находится в недрах архивов или уничтожен по указанию высшего руководства, так как содержит свидетельства прямой ответственности за акции, осуществленные «Лабораторией-Х», не только Ежова, Берии, Абакумова, Меркулова, но и высшего руководства страны — Сталина, Молотова, Маленкова, Булганина, Хрущева.
В июне 1993 года «Известия» опубликовали статью Максимовой «Валленберг мертв. К сожалению, доказательств достаточно», а газета «Сегодня» — статью Абаринова «Отмывают не только деньги, но и версии». В обеих статьях приводятся выдержки из документов, касающихся судьбы Валленберга.
Из служебной записки Вышинского Молотову (1947 г.) явствует, что в конце 1944 года шведы обратились в Народный комиссариат иностранных дел СССР «с просьбой взять под защиту первого секретаря шведской миссии в Будапеште Рауля Валленберга».
В 1945 году, в начале января, шведов информировали, что Валленберг обнаружен и взят под защиту советских военных частей (на самом деле Валленберг был арестован военной контрразведкой в Будапеште).
Через некоторое время шведы уведомили МИД, что среди сотрудников их миссии, выехавших из Будапешта, Валленберга нет, и просили разыскать его. По этому вопросу они направили восемь нот в советские инстанции и сделали пять устных запросов. Посол Швеции в Москве Седерблом в 1946 году обратился к Сталину (он был им принят) с личной просьбой — выяснить судьбу Валленберга.