29 июня 1822 года император Александр постановил, что Сперанский будет управлять сибирскими губерниями до прибытия назначенных генерал-губернаторов на места. Одновременно его величество издал следующее распоряжение: «Господину министру финансов. Тайному советнику Сперанскому Всемилостивейше повелеваю производить из Государственного Казначейства жалованье и столовые, какие он получал по званию Сибирского Генерал-Губернатора по двадцати по две тысячи рублей в год. Александр. В Сарском 29 июня 1822-го».
Встречи и беседы государя со Сперанским по различным делам государственного управления — главным образом, по реформе управления Сибирью и по вопросам деятельности Комиссии законов — продолжались и во второй половине 1822 года. Правда, они стали более редкими. В 1823 году император Александр всего лишь трижды принимал Сперанского с личными докладами. А потом и вовсе перестал звать к себе.
Михайло Михайлович такое охлаждение к нему государя воспринимал совершенно спокойно — как должное. В начале 1823 года он писал дочери из Петербурга в Чернигов:
«Здесь все по-прежнему: те же балы, те же обеды, те же собрания — с тою для меня разницею, что в минувшем году я был у них в службе, а теперь в ожидании чистой отставки; я пользуюсь всеми правами свободного, ни к чему не привязанного, равнодушного наблюдателя, и положение сие весьма для меня выгодно».
При таких обстоятельствах поддержанию высокого статуса Сперанского при царском дворе в значительной мере способствовал граф А. А. Аракчеев — главный рычаг Александра I в управлении Российской империей. После того как Алексей Андреевич помог опальному сановнику возвратиться на государственную службу, их переписка не прекращалась. Михайло Михайлович нашел в графе не только покровителя себе, но и человека, с которым он мог быть более откровенным в выражении своих мыслей и настроений, чем с кем-либо из других сановников. Кроме того, он понимал, что через посредничество Аракчеева можно быстрее и успешнее решать дела, связанные с его губернаторством. Именно по этой причине, отправляясь в Сибирь, Сперанский просил у графа дозволения откровенно писать к нему «о деле и безделье» и слать непосредственно в его адрес служебные донесения из Сибири, дабы они через него «получали бы разрешение». И Аракчеев действительно поддержал предложения Сперанского по преобразованию управления Сибирью и внушил императору Александру мнение об их благотворности.
После возвращения Сперанского из Сибири в Санкт-Петербург он действовал на государственном поприще в тесном союзе с графом Аракчеевым. Аракчеев и Сперанский выступали заодно при обсуждении реформы управления Сибирью в специальном комитете, они хорошо дополняли друг друга в деле устройства военных поселений. Существовавший внутри системы военных поселений порядок регулировался множеством нормативных актов, которые были не согласованы один с другим, поскольку издавались от случая к случаю, а часто даже противоречили друг другу. Эти акты необходимо было привести в некий единый свод. Решение данной задачи и призван был обеспечить Сперанский, известный своими способностями к систематизации различных материалов. 24 января 1823 года император Александр распорядился создать Комиссию составления проекта учреждения о военных поселениях. Для предварительного рассмотрения отдельных частей этого проекта его величество учредил Особый комитет из трех лиц: А. А. Аракчеева, М. М. Сперанского и начальника штаба военных поселений, которым в тот момент являлся генерал-майор П. А. Клейнмихель. Данные решения государь принял по предложению Аракчеева и Сперанского. Есть основания считать, что уже с осени 1822 года дела военных поселений стали для Сперанского столь же важной сферой государственной деятельности, какой были для него в то время реформы управления Сибирью.
По просьбе Аракчеева Сперанский стал знакомиться с документами, отражавшими состояние военных поселений. 22 марта 1823 года Михайло Михайлович сообщал графу, что читал отчет военных поселений «с таким же удовольствием, с каким читаешь путешествия в страны неизвестные». «Тот не имеет еще понятия о военных поселениях, кто удивляется их успехам, не зная, каких трудов стоили сии успехи», — услаждал он душу Аракчеева.
3 апреля 1824 года Сперанский писал Аракчееву: «Честь имею представить вашему сиятельству первое начертание введения к учреждению военных поселений». В этом «введении» Михайло Михайлович раскрывал понятие и причины учреждения военных поселений, принципы их устройства, выгоды, приобретаемые поселянами, и наконец, «общие государственные пользы военных поселений». В январе 1825 года записка Сперанского, названная им «введением к учреждению военных поселений», была выпущена в свет в виде отдельной брошюры без указания имени ее автора и с названием «О военных поселениях». Отпечатана она была в типографии штаба военных поселений и предназначалась, как можно догадаться по ее содержанию, для чисто пропагандистских целей.