Под влиянием статей и выступлений Феррера дочь французского миллионера Эрнестина Менье завещала ему свое состояние. На деньги, полученные в наследство, 8 октября 1901 г. он основал в Барселоне «Современную школу». В нее принимали детей с 5 до 12 лет, независимо от пола и материального положения. За обучение взималась небольшая плата, но ее размеры изменялись в зависимости от материального положения родителей ученика. В итоге, бедняки платили столько, сколько позволяли их средства. Их распределяли по классам в зависимости от уровня знаний. Феррер отказался от применения наказаний в учебно-воспитательном процессе. Отсутствие принуждения отчасти способствовало установлению дружеского общения между преподавателями и учениками. Чтобы не вызывать конкуренцию между детьми, учителя отказались и от оценок. Традиционному разделению образования на начальное, среднее и высшее Феррер противопоставил идею «всестороннего воспитания» — единой школы. «Современная школа» давала ребенку образование, сочетавшее в себе элементы начального, среднего и профессионального. При школе работали мастерские, где детей по их желанию обучали ремеслам, полезным в будущем. Обучение в школе продолжалось 4 года. Центральное место в обучении занимали естественные науки. Мистические и вообще любые сверхъестественные объяснения каких-либо явлений не допускались. Занятия состояли из бесед преподавателя с учениками, наглядных уроков и образовательных прогулок (на природу, на фабрики и т. д.). Целью таких прогулок было развитие у детей интереса к самым разнообразным вещам и явлениям, склонности к наблюдениям и умозаключениям. Уроки служили средством систематизации знаний, полученных в ходе практических занятий в мастерских, на экскурсиях и прогулках. Детей знакомили с фактами из газет и журналов, отражающими состояние общества, приводили в доступной им форме самые разные точки зрения на социальные и другие проблемы. В школе проводились лекции и для взрослых. Феррер предполагал предоставить в ней помещения для профсоюзов.
Для обеспечения школы литературой он основал издательство. В числе авторов учебников были и известные анархисты — знаменитый географ Э. Реклю и Ж. Грав. Выходил ежемесячный «Бюллетень новой школы» — журнал, посвященный вопросам воспитания и предназначенный для родителей и учителей. В нем печатали труды П. Робена, Э. Реклю, П. А. Кропоткина, Г. Спенсера, биолога Э. Геккеля и астронома К. Фламмариона, сочинения Льва Толстого и Максима Горького, переводы статей известных педагогов и психологов, статьи самого Феррера.
Об успехе деятельности Феррера говорят факты. При открытии школы в ней учились 30 детей, к 1907 г. их число возросло до 126. У Феррера появились последователи — «Современная школа» положила начало движению «новых школ» по всей Испании. К 1904 г. в Барселоне и в провинции по этой системе работали 14 школ для детей рабочих. К 1907 г. их было уже 47 с 1700 учениками. Феррер снабжал школы своих последователей учебниками, подбирал для них учителей. Материальную помощь этим учебным заведениям оказывали и испанские синдикалистские профсоюзы, в деятельности которых Франсиско активно участвовал. С 1901 г. он сотрудничал в революционно-синдикалистской газете