Военная администрация Анголы и центральное правительство отреагировали очень быстро. Было мобилизовано значительное количество резервистов. Север был отбит у противника в короткие сроки, но восстание продолжало охватывать другие регионы Анголы. Партизанская активность МПЛА нарастала. ФНЛА почти бездействовал, УНИТА (Национальный союз за полную независимость Анголы) был создан только в 1966 г. Контрпартизанская борьба португальцев в Анголе была достаточно успешной, особенно когда в 1970 году её возглавил генерал Коста Гомеш. Свою роль сыграло сочетание целого ряда факторов:
Национально-освободительные движения отказывались действовать совместно, а в последствии сражались друг против друга.
Проникновение повстанческих отрядов с территории Заира, Замбии и Конго (Браззавиль) отслеживались. Южное направление прикрывала союзная ЮАР, которая, в целом, оказывала серьёзную помощь португальским властям в борьбе с партизанами.
Борьба «за сердца и умы», подкрепленная бурным экономическим ростом территории.
И главное, с военной точки зрения, создание целого ряда уникальных спецподразделений по контрпартизанской борьбе, объединённых одним названием Tropas de т1егуепсао — интервенционные силы или силы быстро реагирования.
Подразделения подобного типа воевали также и Гвинее-Бисау и в Мозамбике, но созданы они были в Анголе. Десантные поисковые батальоны, коммандос, различные группы спецназа. Особый вид представляли подразделения, сформированные на основе оппозиционеров из соседних стран. Firns (Верные) состояли из катангских жандармов-противников заирского диктатора Мобуту, Leais (Преданные) — из замбийских оппозиционеров. Основой тактики португальских подразделений, личный состав которых, кстати, примерно наполовину состоял из чернокожих солдат, являлись засады, контрзасады и рейды мобильных колонн. Вертолёты применялись достаточно ограничено, учитывая, что военный бюджет Португалии был невелик. Войска опирались на разбросанные по всей стране базы (опорные пункты).
1-я кавалерийская группа «Ангольские драгуны», специализировавшаяся на боевом патрулировании и разведрейдах, стала прообразом знаменитого родезийского подразделения «Серые скауты». Кавалерийский батальон 1927, экипированный танками М5А1, использовался для поддержки действий пехоты и интервенционных сил. Его взяли за основу при формировании родезийского полка бронемашин. Самое успешное подразделение Flechas (Стрелы) контролировалось политической полицией ПИДЕ 3*, состояло, в основном из бушменов и перевербованных повстанцев, занималось разведкой, точечными ликвидациями и провокационными псевдотеррористическими операциями. Структура и тактика Flechas использовались при формировании самого успешного подразделения армии Южной Родезии «Скауты Селуса».
МПЛА начало наступление в мае 1966 г. на востоке, действуя со своих баз в Замбии. Этот удар был неожиданным для португальцев, повстанцам удалось продвинуться в глубь ангольской территории, дойдя до Луэны. Вторая колона МПЛА, двигавшаяся на Маланге, была остановлена и разбита. Колониальным войскам удалось стабилизировать ситуацию на востоке Анголы.
Кризис в руководстве МПЛА в начале 1970-х гг. практически свел на нет партизанскую активность движения. Противоречия между лидером МПЛА Агостиньо Нето и командующим Восточным фронтом Даниелем Чипендой, провели к распаду фронта на два независимых сектора — северный (МПЛА) и южный (отряды Чипенды). Впоследствии Чипенда и его сторонники вошли в ФНЛА и снова присоединились к МПЛА только в 1992 г.
Мозамбикский фронт
Свою первую атаку против португальских войск бойцы Фронта освобождения Мозамбика ФРЕЛИМО провели 24 сентября 1964 г. в провинции Кабо Дельгадо. Португальские части несли серьёзные потери, однако ограниченная численность контингента не позволяла нейтрализовать партизанскую активность, повстанцы продолжали расширять зону своих операций. К тому же 50 % всех сил метрополии было задействовано на охране строительства плотины гидроэлектростанции Кабора Баса, которое было закончено в 1974 году.
Серьёзную помощь португальским войскам оказывала армия Южной Родезии. Часто её подразделения действовали на территории Мозамбика самостоятельно. Здесь, как и в Анголе, были сформированы различные спецподразделения контрповстанческой борьбы, особенно выделялись специальные десантные группы, личный состав которых полностью был из чернокожих солдат-добровольцев.
ФРЕЛИМО получал военную помощь не только от Советского Союза, но и Китая. Тренировочные базы фронта находились в Танзании. Бойцы ФРЕЛИМО проходили подготовку в СССР в учебном центре в Перевалочном (Крым). Особенно значительное влияние на ход боевых действий на заключительном этапе войны оказали поставки советских ПЗРК «Стрела-2М».