В партизанском движении взаимоотношения мусульман и христиан оставались непростыми. Однако специально для христиан была создана пятая оперативная зона, которая включала провинцию Хамасен вместе со столицей Асмэрой. Это принципиально изменило отношение императорского правительства к конфликту. Если раньше он рассматривался как традиционная для этого региона война с мусульманскими повстанцами, и для борьбы с ними привлекались полувоенные части и полиция, то теперь под сомнение ставилось «христианское единство» Эритреи и Эфиопии. В 1967 г. для «умиротворения» региона была привлечена целая армейская дивизия. Сопротивление ФОЭ было слабым и плохо скоординированным.
Поражение 1967 г. с одной стороны привело к централизации командования, с другой, привела к расколу ФОЭ, что в последующем привело к жестокой межфракционной войне. Её итогом стало появление Народного фронта освобождения Эритреи (НФОЭ), провозгласившего себя марксистско-ленинской организацией.
12 сентября 1974 г. эфиопский император Хайле Селассие был низложен. К власти пришёл Координационный комитет вооружённых сил, полиции и территориальной армии, ставший известным под амхарским названием Дерг (совет). Позже Комитет был переименован во Временный военный административный совет (ВВАС). 11 февраля 1977 годя председателем ВВАС стал Менгисту Хайле Мариам.
ВВАС провозгласил социализм конечной целью эфиопской революции, что совпадало с лозунгами эритрейских повстанцев. Но в мае 1976 г. была опубликована программа политического урегулирования в Эритрее на основе автономии, но в рамках единого государства, что не устраивало сепаратистов.
Они попытались использовать вызванное революцией ослабление противника и двинули свои отряды к Асмэре, где в сентябре 1974 г. разбили свои лагеря в прямой видимости города. Но следующий месяц сепаратисты потратили на столкновения между собой, пока, наконец, уступив просьбам ежедневных делегаций из Асмэры и близлежащих деревень прекратить конфронтацию, не преступили к переговорам, единственным результатом которых стала совместная частично успешная атака эритрейской столицы в конце января 1975 г., где из тюрьмы были выпущены две тысячи политических заключенных.
В январе 1977 г. повстанческие фронты начали мощное наступление. В результате в их руки попали все города Эритреи, кроме Асмэры и портов Массауа и Асэб. НФОЭ добился больших успехов, взяв под контроль центральное плато, регионы Керен и Сахель, ФОЭ удерживал западные равнины и часть побережья.
Стотысячная эфиопская группировка вошла в Эритрею после окончания войны за Огаден в 1978 году. Повстанцы опять действовали раздельно. При абсолютном превосходстве в вооружениях и сильной авиаподдержке, ВС Эфиопии быстро разгромили отряды ФОЭ, которые отступили в западную пустыню. НФОЭ предприняло организованное стратегическое отступление, без сопротивления отступив в горы Сахель. Потеряв все города, боевики сумели удержать свою «столицу» Накфу.
В августе 1981 г. НФОЭ выбил отряды ФОЭ в Судан, где они были разоружены. Расправившись с главным соперником, НФОЭ в 1984 г. предпринял решительную атаку против эфиопских войск. В январе был взят город Тессеней рядом с суданской границей, а в июле партизаны взяли важнейший стратегический пункт Баренту. Однако удержать его не смогли из-за отсутствия тяжёлого вооружения.
Окончание гражданской войны в Эфиопии
В борьбе против центрального правительства огромную помощь НФОЭ оказали отряды Национального фронта освобождения Тиграй (НФОТ). НФОТ был образован в феврале 1975 г. в примыкающей к Эритрее провинции Тиграй. Если НФОЭ добивался отделения Эритреи, то руководство НФОТ считало своей главной целью борьбу с доминированием амхарской элиты в Эфиопии. Спорными оставались и вопросы стратегии и тактики повстанческой борьбы. Военная доктрина НФОЭ состояла из трёх пунктов:
1. защита «освобождённых территорий» в рамках классической позиционной войны,
2. мобильная война на территориях, слабо контролируемых Дергом,
3. партизанская война на территориях, жёстко контролируемых Дергом.
Командиры НФОТ, напротив, считали, что профессиональный подход и создание доктрин подрывает «демократический» (народный) характер войны. Они были сторонниками активной партизанской войны с максимальным привлечением крестьянства.