Стремительное наступление войск противника, отсутствие надежной связи — все это мешало четкому руководству партизанскими отрядами и оперативными группами и координации их действий со стороны республиканского НКГБ. Зачастую случалось так, что, получив задание, чекистский отряд или группа сталкивались с иными реалиями. Имели место случаи, когда чекистские отряды и группы принимались отступающими частями РККА за вражеских диверсантов и подвергались аресту или разоружению.
(
«Вся работа, проведенная нами, пошла насмарку. Отходившее части РККА меня и других отрядовцев задержали и под угрозой уничтожения как диверсантов, провели по селу и держали до тех пор, пока не выехал представитель из милиции и райкома партии, только после их вмешательства мы были освобождены»).
Через неделю после начала войны начальник УНКГБ по Витебской области Тур под угрозой оружия и без видимых на то причин арестовал группу сотрудников НКГБ-НКВД, прибывших в Витебск по заданию Наркоматов госбезопасности. В состав группы входили начальник УНКВД по Брестской области, его заместитель, начальник отделения НКГБ на станции Брест, сотрудник НКВД БССР. Кроме них, по приказу Тура были арестованы и помещены во внутреннюю тюрьму Управления бригадный комиссар, курсанты Ростовской школы НКГБ, милиционеры и руководящие сотрудники НКВД Литовской ССР (всего более 200 человек), присланные в город для выполнения особых заданий НКГБ и НКВД БССР.
Руководство органов госбезопасности республики требовало, чтобы в партизанские отряды направлялись только бойцы, способные «самоотверженно бороться в тылу врага». При их отборе следовало подходить «персонально, учитывая личные качества партизан, не допуская лиц, вызывающих сомнения в их боевых качествах».
(
В рапорте от 7 июля 1941 г. заместитель командира Осиповичской опергруппы Баранов сообщал: «При расположении людей по укрытиям я увидел, что люди отряда абсолютно в имеющемся налицо составе не способны вести бой (…) Непригодность людей к бою достаточно характеризуется тем, что, расположив в укрытых точках, почти естественных окопах, 35 человек, я отошел к мосту с гранатометчиками, а, вернувшись обратно к основной группе, увидел, что, несмотря на приказание лежать в укрытии, часть людей собралась в одной яме и занимается анекдотами». Ко всему прочему, среди личного состава группы имели место случаи симуляции заболеваний, а также велись разговоры о том, что «нас посылают на мясо, с пистолетами против пушек».
Командир Могилевского отряда НКГБ Прибыль докладывал, что у подчиненных проявляются нездоровые панические настроения, и предлагал исключить из отряда 49 человек.
Осенью 1941 г. командир Любанского отряда Пашун сообщал, что в ходе одной из операций в Полесской области «проявил большую трусость оперуполномоченный Слуцкого ГО НКВД — сержант госбезопасности тов. Белых, который от первого выстрела фашистов бросился бежать, не произведя ни одного выстрела из своего автомата по врагу и, удрав от отряда, вышел из окружения, увлекши за собой еще одного партизана».
Командир Березинского отряда Юрин рассказал о своем заместителе, оперуполномоченном НКГБ Романове, который вел панические разговоры о том, что «неверно сделали, послав нас в тыл к противнику, ничего мы не сделаем». Спустя несколько дней Романов дезертировал из отряда и ушел переходить линию фронта. Всего же из отряда Юрина дезертировали 17 бойцов. Такие случаи паникерства и дезертирства имели повсеместное распространение).
Смогли организовать борьбу в тылу врага только отряды и группы, которые создавались в районах Витебской, Гомельской, Могилёвской и Полесской областей, оккупированных позже, чем западные области республики.
Так, Березинский отряд НКГБ в момент создания 26 июня 1941 года состоял из 96 бойцов. В район действий он прибыл 1 июля и сразу был разделен на 8 оперативных групп. Чекистам удалось организовать в 10 сельсоветах Березинского района истребительные группы из числа местных жителей для борьбы с вражескими десантами, а также 20 партизанских групп с общим количеством 160 человек /всего-то по 8 в группе! —