Следующим местом его деятельности была Прага. Мы видим, что Мюнцера тянет к старым очагам хилиастических движений — сначала в Цвикау, потом на родину таборитов. Сохранилась проповедь, произнесенная Мюнцером в Праге. В ней он утверждает, что после смерти учеников апостолов дотоле чистая церковь совершила прелюбодеяние и стала блудницей. Попы проповедуют внешнее слово Писания,
«которое они выкрали из Библии, как воры и убийцы»
Мюнцер переходит к центральной части своего учения — о Церкви избранных.
«Никогда этого не случится, и за это слава Богу, чтобы попы и обезьяны представляли церковь Божию, — но избранные Вогом проповедовать его слово».
«Чтобы проповедовать это учение, я готов отдать свою жизнь». «Бог сотворил чудеса для избранных им, особенно в этой стране. Ибо здесь возникает новая церковь, этот народ будет зеркалом всего мира. Поэтому я призываю всех защищать слово Божие… Если же ты этого не сделаешь, Бог даст силу туркам уничтожить тебя еще в этом году»
Но проповедь Мюнцера в Праге не имела успеха, и он снова начинает бродячую голодную жизнь. Наконец, в 1523 г. он получил место проповедника в городке Альштадт, и начался первый яркий эпизод его жизни.
В Алыптадте Мюнцер быстро завоевывает влияние. Он вводит (одним из первых в Германии) службу на немецком языке, причем проповедует не только на темы Евангелий, но и Ветхого Завета. На его проповеди стекаются толпы народа не только из Альштадта, но и из соседних городов и сел. Городской чиновник Цейсс пишет в донесении:
«Некоторые соседние дворяне запрещают своим подданным посещать здешние проповеди, но народ не соглашается. Их бросают в тюрьму, а будучи выпущены, они опять бегут сюда».
Мюнцер смелеет: властителей, запрещающих посещать его проповеди, он называет «большими гусями». Он пишет Цейссу:
«Власть князей имеет конец, она будет в ближайшее время передана простому народу»
Его настроение характеризует фраза:
«Кто хочет быть камнем новой Церкви, должен рискнуть шеей, иначе строители его выбросят»
Скоро дело дошло до больших эксцессов. Распаленная Мюнцером толпа сожгла часовню в Моллербахе, по соседству с Альштад-том, где была чудотворная икона Богоматери. Когда был арестован один из участников беспорядков, вооруженные толпы появились на улицах города. Приходила помощь от соседних городов. Цейсс, представлявший в городе герцога Саксонского, писал ему, что виной всему проповеди Мюнцера. Он предлагал вызвать Мюнцера на суд и, если будет признан виновным, изгнать — «иначе он добьется своей проповедью, имеющей успех у простых людей, того, что доставит нам трудов и хлопот».
В это время против Мюнцера выступил Лютер, который был уже некоторое время озабочен тем, что делал и проповедовал Мюнцер. Он упрекал Мюнцера в том, что тот использует успехи Реформации, достигнутые без его содействия, чтобы нападать на саму Реформацию. Заканчивал Лютер предложением Мюнцеру явиться на диспут в Виттенберг. Мюнцер согласился участвовать в диспуте, только если свидетелями будут «турки, римляне и язычники». В то же время он напечатал (в соседнем городке Эйленбурге у него была своя типография) два произведения: «Протестация Томаса Мюнцера» и «Разоблачение выдуманной веры», в которых резко нападал на многие стороны учения Лютера, на «ученых и книжников», выдумывающих ложную веру.
Странным образом мы все еще не слышим ни о каких мерах властей против Мюнцера, несмотря на то, что в своих произведениях он, например, говорит о курфюрсте Саксонском: «у этого бородача меньше ума в голове, чем у меня в заднице», а жителей соседнего городка Зангерхаузена призывает к восстанию против их властей. Наоборот, проезжая через Альштадт, курфюрст Фридрих Саксонский и его брат Иоанн Саксонский захотели сами послушать знаменитого проповедника.