Еще до времени вступления в силу «северо-западной капитуляции» произошли некоторые события, обошедшие Дёница стороной, несмотря на ту лихорадочную деятельность, которую развил гросс-адмирал, заполучив свободу действий и решений и употребив все силы на завершение войны в должном порядке. 2 мая 1945 года британские танковые соединения в стремительном броске через Эльбу продвинулись вперед в направлении Любека. Сопротивление немцев расползлось. Отстаивание Гамбурга сделалось, таким образом, бессмысленным, хотя защита города находилась в падежных руках военного коменданта, командира дивизии «Гамбург» генерал-майора Вольца, очень умело защищавшего подступы. Дёниц сдал Гамбург. 3 мая туда вошли британские войска. Вследствие стремительного наступления англичан он был вынужден перебазировать последнюю штаб-квартиру и место пребывания правительства рейха в Фленсбург-Мюрвик, на крайний Север. Скромный дом гарнизонной комендатуры стал резиденцией последнего руководителя государства — немецкого рейха, основанного 74 года назад. В школе ВМФ в Мюрвике начиналась когда-то карьера Дёница. А теперь пришел конец, и ради сохранения нации он сделал все от него зависящее, чтобы ускорить этот конец.
После третьей и последней радиограммы Бормана гросс-адмирал намеревался проигнорировать созданное по завещанию Гитлера имперское правительство Геббельса с Мартином Борманом в качестве «партайминистра». Если бы Геббельс и Борман объявились во Фленсбурге, то они были бы арестованы. Дёниц хотел видеть в качестве внешнеполитического советника бывшего министра иностранных дел рейха барона фон Нейрата, от которого Гитлер избавился в 1938 году, и во главе верховного командования вермахта желал бы поставить фельдмаршала фон Манштейна, которого Гитлер в 1944 году отстранил от службы. Однако местопребывание обоих было неизвестно. Он обратился с просьбой к бывшему до настоящего времени министром финансов рейха, консерватору по своим убеждениям, графу Шверину фон Крозигу, пригласив его стать советником и ведущим министром во временном правительстве рейха. Граф Шверин-Крозиг, бывший экспертом по финансовым вопросам, но не дипломатом, колебался, однако затем ответил согласием. Был сформирован небольшой рейхскабинет, в котором Альберт Шпеер курировал хозяйственные вопросы, а бывшие рейхсминистры Бакке и Дорпмюллер отвечали за продовольственное снабжение и средства сообщения. Временному рейхскабинету из бывшей знати Третьего рейха осталось небольшое поле деятельности. Тем временем главком Южного фронта фельдмаршал Кессельринг известил гросс-адмирала о том, что группа юго-западных армий («С») в Северной Италии и Тироле по взаимному соглашению с фюрером СС и полицией Италии добровольно капитулировала перед западными союзниками, что было очень некстати для сильного коммунистического партизанского движения в Северной Италии и предводителя югославской коммунистической партизанской армии Тито, так как англо-американские войска вклинились глубоко во фланги наступающим на север югославам. Дёниц одобрил — что оставалось ему делать, а 3 и 5 мая 1945 года с его согласия капитулировали группа армий «Юг» во главе с главкомом Кессельрингом и сражавшаяся против Тито на юго-востоке группа армий «Е».
Самым трудным днем для него, бывшего командующего подводными силами, спланировавшего битву в Атлантике и руководившего ею, был, вероятно, день 4 мая 1945 года. Монтгомери потребовал передачи военного и торгового флота. Чтобы не рисковать ходом частичной капитуляции, Дёниц согласился отдать военный флот и приказал явиться подлодкам, а также остальным боевым кораблям всех типов, находившимся в исправном состоянии. Он действовал четко и бескорыстно, так, как положено солдату, которым он всегда был. Его адъютант, капитан третьего ранга Людде-Нейрат, исказил приказ за спиной своего гросс-адмирала, которого он глубоко уважал и почитал. Это привело к тому, что 221 подлодка потопили сами себя. 151 подлодка, среди них 12 типа XXIII и одна типа XXI, попали в руки противника. 44 подлодки находились на боевых заданиях, когда «лев», как называли Дёница его подводники, издал краткий прощальный приказ, в котором он удостоверял, что его матросы и офицеры дрались как львы.
Второй этап окончания военных действий предполагал общую капитуляцию всех войск, сражавшихся против западных держав. 6 мая 1945 года Дёниц направил генерал-адмирала фон Фридебурга и генерал-полковника Штумпфа в ВВС, а генерал-лейтенанта Кипцеля в штаб-квартиру союзников в Реймсе.