К лету 1943 года ветры войны подули уже в самой Италии, достигая порой ураганных порывов. Победа союзников по антигитлеровской коалиции в Северной Африке делала неизбежным вторжение на Сицилию, а там и на основную территорию страны. Тем временем Гитлер требовал от Муссолини все новых и новых дивизий и настаивал, чтобы руководство военными действиями перешло в одни руки — конечно, к немцам. Испугавшись, что у Гитлера существуют планы сделать Италию частью своей империи, и потеряв доверие к способностям Муссолини управлять страной, фашистский Большой Совет обратился к королю Виктору Эммануэлю с просьбой устранить дуче от верховного руководства и восстановить конституционную монархию. Король немедленно назначил премьер-министром маршала Петро Бадольо, который вынудил Муссолини уйти в отставку и отправил его в изгнание на остров Понца. Той же ночью Бадольо выступил по национальному радио и заявил, что Италия остается в состоянии войны с антигитлеровской коалицией. Однако многие понимали, что такое заявление лишь уловка, в противном случае Гитлер мог разозлиться и предпринять решительные шаги, чтобы отомстить за изгнание Муссолини.
3 сентября того же года, после секретных переговоров между правительством Бадольо и руководством союзников по антигитлеровской коалиции, Италия официально подписала соглашение о перемирии, и началось вторжение союзников. В новых условиях защита Италии по прежнему договору "ось Рим — Берлин" могла осуществляться только Германией, и фюрер поклялся, что победа будет за ним.
Когда коалиционные войска переправлялись из Сицилии в Калабрию и готовились к высадке севернее, на побережье возле Салерно, Гитлер начал операцию "Ось", предусматривающую оккупацию Италии, отстранение нового правительства и отправку в концентрационные лагеря всех захваченных в плен итальянских солдат. Ночью 8 сентября немцы вошли в Рим, однако премьер-министру и членам королевской семьи удалось выбраться из столицы и бежать в Бриндизи, городок на побережье Адриатического моря, который и стал временной штаб-квартирой нового правительства.
На следующий день союзники захватили плацдарм возле Салерно, сделав первый шаг к овладению Неаполем, который находился всего в пятидесяти километрах. Тем временем немцы хозяйничали в Неаполе и относились к жителям крайне жестоко. Мужчин и молодых людей отлавливали прямо на улицах и отправляли на тяжелые работы. Оказывавших сопротивление убивали на месте, и часто раненые оставались лежать на улице в грязи, пока не умирали. Евреев и чиновников нового итальянского правительства отправляли в концентрационные лагеря в Германию.
12 сентября ситуация резко изменилась, когда группа нацистских диверсантов, используя планеры и небольшой самолет, высадилась на почти трехкилометровой высоте в гористой местности, где сторонники нового правительства удерживали в заточении Муссолини. Десантникам удалось освободить дуче и переправить его в Германию к Гитлеру, в штаб-квартиру в Растенберге. Через три дня Муссолини по радио обратился к жителям Италии и объявил, что он снова руководит страной в объеме прежних полномочий, и предложил членам бывшего фашистского правительства вернуться на свои посты и помочь ему установить в Италии новый режим, не запачканный предательством прежней власти — монархии. Дуче также приказал всем членам фашистской вооруженной гвардии объединиться и сражаться вместе с немцами, освобождая страну от захватчиков.
20 сентября Софии Шиколоне исполнилось девять лет, и о войне она могла судить по тому, что видела с балкона своей спальни, куда доносились звуки зениток и разрывы бомб. К счастью, и для нее самой, и для остальных обитателей холмистых районов Неаполя, самолеты союзников в основном бомбили сооружения в порту и радом с ним. Во время этих рейдов погибло несколько тысяч человек и около двухсот тысяч остались без крова.
В результате бомбардировок Неаполя серьезные разрушения получили системы городской подачи воды и канализации. В этой ситуации часто единственным источником пригодной для употребления воды была дождевая, которую собирали во все имеющиеся в домах емкости. Постоянной угрозой стал тиф. Софи повезло, а вот Марии не удалось избежать болезни. Когда младшая сестренка металась в горячке и матери нечего было дать ей попить, она в конце концов выскочила на улицу и налила немного воды из радиатора немецкого грузовика, припаркованного в нескольких километрах от их дома.