Армада должна была отплыть из Лиссабона в начале мая, но, ввиду смерти адмирала Санта Крус и его вице-адмирала, отплытие было отсрочено. Командующим флотом был теперь назначен герцог Медина-Сидония, человек совершенно несведущий в морском деле; впрочем, его вице-адмирал Мартинес де Рекальде был опытным моряком. По отплытии 29 мая 1588 г. из Лиссабона в Корунью для погрузки припасов флот был рассеян сильной бурей, и хотя все корабли, за исключением четырех, собрались в Корунье, они были сильно потрепаны штормом и нуждались в ремонте. Так как до Англии дошли вести, что флот полностью приведен в негодность, правительство приказало поставить на прикол также и свои корабли; однако лорд Хауард, адмирал, воспротивился этому приказу, он отплыл к Корунъе, разузнал истинное положение и по возвращении стал продолжать военные приготовления. Получив вскоре после этого известие, что армада показалась на горизонте, он поднял якоря и стал следовать за ней на ее пути вдоль Ла-Манша, беспокоя испанские суда всякий раз, когда представлялся удобный случай. Тем временем испанцы двигались к берегам Фландрии, держась как можно ближе друг к другу. В различных мелких стычках, происшедших при этом, англичане, благодаря своим более подвижным кораблям, а также более многочисленным и более искусным в морском деле экипажам, постоянно одерживали победу над неповоротливыми испанскими галеонами с недостаточно укомплектованными экипажами, хотя эти суда и были битком набиты солдатами. Кроме того, испанская артиллерия имела плохую орудийную прислугу, которая большей частью целила слишком высоко. Близ Кале армада стала на якорь, ожидая, когда флот герцога Пармского выйдет из фламандских гаваней; однако она вскоре получила известие, что его суда, не приспособленные для боя, не могут выйти до тех пор, пока армада не пройдет через пролив и не отгонит англо-голландскую блокирующую эскадру. Поэтому армада снова подняла якоря, но около Дюнкерка попала в штиль, оказавшись между английским флотом, с одной стороны, и голландским, с другой. Лорд Хауард приготовил брандеры, и когда ночью 7 августа ветер снова поднялся, он пустил восемь из них на неприятельские корабли. Брандеры вызвали настоящую панику в испанском флоте. Некоторые корабли подняли якоря, другие обрубили свои канаты и были подхвачены ветром; весь флот пришел в расстройство, несколько кораблей столкнулись друг с другом и вышли из строя. К утру порядок отнюдь не был восстановлен, и отдельные флотилии армады оказались разбросанными на обширном пространстве. Тогда лорд Хауард, получив в подкрепление корабли, экипажи которых состояли из титулованных и нетитулованных дворян, а также блокирующую эскадру под командой лорда Байрона, при искусном содействии сэра Фрэнсиса Дрейка, в четыре часа утра вступил в бой с неприятелем. Сражение, или, скорее, охота (ибо англичане имели явное превосходство во всех пунктах атаки), длилось до наступления темноты. Испанцы дрались храбро, по их неуклюжие корабли были непригодны для плавания в узких проливах и для маневренного боя. Испанцы потерпели полное поражение и понесли тяжелые потери.
Соединение с транспортами герцога Пармского стало, таким образом, невозможным, о высадке же на английском берегу силами одной армады не могло быть и речи. Оказалось, что большая часть имевшихся на кораблях запасов провианта израсходована, и так как доступ к испанской Фландрии был теперь отрезан, не оставалось ничего иного, как вернуться в Испанию за свежими припасами. (См. «Достоверные сообщения из Ирландии относительно потерь и бедствий, которые испанский флот потерпел у берегов Ирландии». Лондон, 1588. Показания Эммануэля Фремосы, служившего на корабле «Сан-Хуан», водоизмещением в 1100 тонн, флагманском корабле адмирала Рекальде[186].) Поскольку же проход через Ла-Манш был тоже заперт английским флотом, то оставался лишь один путь домой — вокруг Шотландии. Флот лорда Сеймура, посланный в погоню, лишь незначительно тревожил армаду, ибо этот флот был плохо снабжен боевыми припасами и не мог отважиться на атаку. Но после того как испанцы обогнули Оркнейские острова, поднялась ужасная буря и рассеяла весь флот. Несколько кораблей буря погнала назад до самых берегов Норвегии, где они наскочили на скалы; другие затонули в Северном море или разбились о скалы у берегов Шотландии и Гебридских островов. Вскоре после этого новая буря настигла испанцев у западного побережья Ирландии, где погибло свыше 30 кораблей. Те из состава экипажей, кому удалось добраться до берега, были большей частью перебиты; около 200 человек было казнено по приказу наместника Ирландии