В качестве командующего Западной армией Бернадот подавил последние очаги вандейского восстания. После провозглашения империи, которая принесла ему звание маршала, ему было поручено командование Ганноверской армией. В этой роли, а также во время своего последующего пребывания на посту командующего Северогерманской армией, он старался создать себе среди северных народов репутацию человека независимого, умеренного, владеющего административным искусством. Во главе корпуса, расположенного в Ганновере и являвшегося 1-м корпусом большой армии, он участвовал в кампании 1805 г. против австрийцев и русских. Он был направлен Наполеоном в Иглау для наблюдения за движениями эрцгерцога Фердинанда в Богемии; затем, вызванный обратно в Брюнн, он во время сражения при Аустерлице был поставлен со своим корпусом в центре между Сультом и Данном и содействовал отражению попыток правого крыла союзной армии обойти с фланга французскую армию. 5 июня 1806 г. ему был присвоен титул князя Понтекорво. В кампании 1806–1807 гг. против Пруссии он командовал 1-м corps d'armee {армейским корпусом. Ред.}. Он получил от Наполеона приказ идти от Наумбурга на Дорнбург, в то время как Даву, тоже стоявший у Наумбурга, должен был двигаться на Апольду; в полученном Даву приказе было прибавлено, что если Бернадот уже соединился с ним, то они могут идти на Апольду вместе. Разведав направление движения пруссаков и удостоверившись, что по пути на Дорнбург никакой встречи с противником не может произойти, Даву предложил Бернадоту совместно совершить марш на Апольду и даже выразил готовность подчиниться его командованию. Но последний, упорно придерживаясь буквального толкования приказа Наполеона, двинулся в направлении Дорнбурга, не встретив неприятеля в течение всего дня, между тем как Даву один должен был выдержать главный натиск противника в сражении при Ауэрштедте[172], которое ввиду отсутствия Бернадота не закончилось решающей победой. Только благодаря столкновению потоков беглецов — из-под Ауэрштедта и из-под Йены, — а также стратегическим комбинациям Наполеона были предотвращены последствия преднамеренной грубей ошибки Бернадота. Наполеон уже подписал приказ о предании Бернадота военному суду, но по дальнейшем размышлении отменил его. После сражения при Йене Бернадот совместно с Сультом и Мюратом 17 октября разбил пруссаков при Галле, преследовал прусского генерала Блюхера до Дюбека и способствовал его капитуляции при Ратекау 7 ноября 1806 года. Он также разбил русских 25 января 1807 г. на равнинах Морунгена, недалеко от Торна.
После Тильзитского мира, согласно условиям союзного договора, заключенного Наполеоном с Данией, французские войска должны были занять датские острова, чтобы оттуда действовать против Швеции[173]. В соответствии с этим 23 марта 1808 г., в тот самый день, когда Россия вторглась в Финляндию, Бернадот получил приказ двинуться в Зеландию для того, чтобы вместе с датчанами вторгнуться в Швецию, низложить короля {Густава IV Адольфа. Ред.} и поделить страну между Данией и Россией — странная миссия для человека, которому предназначено было в недалеком будущем царствовать в Стокгольме. Он переправился через Бельт и прибыл в Зеландию во главе 32000 французов, голландцев и испанцев; однако 10000 испанцев удалось под командой генерала де ла Романа с помощью английского флота покинуть армию Бернадота. Во время своего пребывания в Зеландии Бернадот ничего не предпринял и ничего не достиг. Отозванный в Германию, чтобы участвовать в новой войне между Францией и Австрией, он получил командование 9-м корпусом, состоявшим главным образом из саксонцев,
Сражение при Ваграме 5 и 6 июля 1809 г. дало новую пищу для его размолвок с Наполеоном. В первый день сражения Евгений Богарне, выйдя из дефиле в непосредственной близости от Ваграма и вклинившись в центр вражеских резервов, не получил должной поддержки со стороны Бернадота, который вводил в бой свои войска слишком поздно и слишком вяло.