Тщательно изучая мельчайшие подробности церковной службы, делая пространные выписки из книг испанских иезуитов о мистическом культе девы Марии, штудируя книгу «Подражание Иисусу Христу», Золя собирал материал для нового антиклерикального произведения.
Много усилий потребовала от писателя идиллическая часть романа — описание парка Параду (Paradis — рай), на фоне которого развертывается трагическая любовная история Сержа Муре и Альбины. Золя поместил деревню Арто — приход аббата Муре — и парк Параду в окрестностях Экса Прованского (Плассана), города своей юности, где он знал все тропинки и ущелья. Но, чтобы создать роскошную, живописную картину растительности парка Параду, писатель специально изучал каталоги трав и цветов, проверял их во время своих многочисленных посещений Ботанического сада и агрономических выставок. Среди прочих подготовительных материалов к роману интересно отметить юношеское произведение писателя «Дневник выздоравливающего», написанный в 1858–1859 годах. Отдельные страницы этого дневника Золя использовал для описания состояния выздоравливающего Сержа Муре (начальные главы II части романа).
В рукописном фонде Золя, хранящемся в Национальной библиотеке в Париже, особый интерес представляют страницы так называемого «Наброска», который Золя составлял к каждому роману, прежде чем начать его писать. В «Наброске» писатель излагает сюжет романа, план развития действия, подробно раскрывает замысел произведения, дает развернутые характеристики персонажей. При изучении «Наброска» видно, что роман, задуманный вначале только как исследование о проблеме наследственности, как физиологический этюд о человеке, отдавшемся мистике и аскетизму, в ходе работы приобретает иное звучание. В нем начинает преобладать тема прославления любви, пантеистическое утверждение величия и мудрости законов жизни, благости природы. «Я изучу на Люсьене (Серже) великую борьбу природы и религии», — писал Золя. В изображении «борьбы природы и религии» и заключается антирелигиозное звучание произведения. В «Наброске» Золя неоднократно подчеркивает жестокость религиозного аскетизма, противоестественность католического догмата о безбрачии духовенства. «Ножницы клерикализма обратили его (Сержа) в сухое дерево без ветвей и без листьев». Серж Муре — священник-жертва. С детства жизнь его искалечена религией, влиянием безжалостного фанатика аббата Фожа (история религиозного обращения Сержа Муре рассказана Золя в романе «Завоевание Плассана»). Как в «Завоевания Плассана», так и в «Проступке аббата Муре» религия выступает силой, враждебной человеку и природе. Золя еще раз хотел вернуться к образу Сержа Муре. В третьем перечне романов цикла «Ругон-Маккары», составленном Золя в 1871 году, упоминается книга «Возвращение к семье Муре — Серж и Дезире», но этот замысел так и остался неосуществленным. О дальнейшей судьбе Сержа Муре, ведущего жизнь покаяния и самоотречения в заброшенном бедном приходе, читатель узнает только из романа «Доктор Паскаль».
Воплощением антигуманистического религиозного фанатизма в романе выступает брат Арканжиас. Золя писал о нем в «Наброске»: «Брат Арканжиас, сорока пяти лет, из конгрегации христианского просвещения. Неотесанный, невежественный, грязный крестьянин, упрям, как скотина, весь охвачен католическим фанатизмом… Он представляет в романе бога карающего, бога ревнивого и страшного. Он — воплощенный катехизис…» Золя далее особо отмечает: «Не придавать этой фигуре ничего возвышенного, подчеркивать отвратительные и вульгарные стороны… Грязь безбрачия».
Религиозному аскетизму, грубому фанатизму в романе противопоставлена пантеистическая тема. Парк Параду, на фоне которого развертывается любовная идиллия, приобретает символическое значение; он становится воплощением извечных животворных сил природы. «Роман — долгая идиллия, подробный анализ чувств человека, пробуждающегося только в 25 лет». Эта лирическая тема составляет своеобразие романа «Проступок аббата Муре». Золя писал в «Наброске», что в истории любви Сержа и Альбины он хотел повторить библейскую легенду об Адаме и Еве в раю. «Роль библейского сатаны исполняет природа, это она соблазняет Сержа и Бланш (Альбину)».
Отсюда то большое значение, которое Золя придавал описаниям парка. Живописуя на протяжении целых страниц красоты Параду, Золя стремится показать тесную связь между жизнью природы и развитием чувства героев. «Четыре фазы любви соответствуют изменению пейзажа», — записано в «Наброске».