Смерть Дмитрия Угличского сопровождалась бурными событиями. В Угличе произошло народное восстание. Подстрекаемые царицей Марией и Михаилом Нагим, угличане разгромили Приказную избу, убили государева дьяка Битяговского, его сына и др. Четыре дня спустя в Углич прибыла следственная комиссия. Она допросила сто сорок свидетелей. Протоколы допросов, а также заключение комиссии о причинах смерти Дмитрия сохранились до наших дней. Однако существует мнение, что основная часть угличских материалов дошла до нас в виде беловой копии, составители которой толи ограничились простой перепиской имевшихся в их распоряжении черновых документов, то ли произвели из них некую выборку, а возможно, и подвергли редактированию. Тщательное палеографическое исследование текста «обыска», проведенное В. К. Клейном, в значительной мере рассеивает подозрения насчет сознательной фальсификации следственных материалов в момент составления их беловой копии. Основной материал переписан семью разными почерками. Входившие в комиссию подьячие провели обычную работу по подготовке следственных материалов и судопроизводству. В подавляющем большинстве случаев показания свидетелей-угличан отличались краткостью, и подьячие, записав их, тут же предлагали грамотным свидетелям приложить руку. По крайней мере двадцать свидетелей подписали на обороте свои «речи». Их подписи строго индивидуализированы и отражают разную степень грамотности, довольно точно соответствовавшую их общественному положению и роду занятий. В следственную комиссию вошли очень авторитетные лица, придерживавшиеся разной политической ориентации. Скорее всего по инициативе Боярской думы руководить расследованием поручили боярину Василию Шуйскому, едва ли не самому умному и изворотливому противнику Годунова, незадолго до этого вернувшемуся из ссылки. Его помощником стал окольничий А. П. Клешнин. Он поддерживал дружбу с правителем, хотя и доводился зятем Григорию Нагому, состоявшему при царице Марии в Угличе. Вся практическая организация следствия лежала на главе Поместного приказа думном дьяке Е. Вылузгине и его подьячих. По прошествии времени следователь В. Шуйский не раз менял свои показания относительно событий в Угличе, но комиссия в целом своих выводов не пересматривала.
Составленный следственной комиссией «обыск» сохранил не одну, а по крайней мере две версии гибели царевича Дмитрия. Версия насильственной смерти всплыла в первый день дознания. Наиболее энергично ее отстаивал дядя царицы Марии Михаил Нагой. Он же назвал убийц Дмитрия: сына Битяговского — Данилу, его племянника — Никиту Качалова и др. Однако Михаил не смог привести никаких фактов в подтверждение своих обвинений. Его версия рассыпалась в прах, едва заговорили другие свидетели. Когда позвонили в колокол, показала вдова Битяговского,
Показания свидетелей позволяют выяснить еще один любопытный факт: Михаил Нагой не был очевидцем происшествия. Он прискакал во дворец