Узнав о штурме Смоленска, Прокофий Ляпунов бросил открытый вызов боярскому правительству. Он прислал в Москву новое послание к боярам, составленное на этот раз в самых суровых выражениях. Вождь рязанских дворян обвинял короля в нарушении договора и призывал всех патриотов к войне против иноземных захватчиков. Ляпунов грозил боярам, что немедленно сам двинется походом на Москву ради освобождения православной столицы от иноверных латинян. Вскоре же Ляпунов направил в столицу своего человека, чтобы договориться с Бутурлиным о совместных действиях. Однако бояре своевременно узнали о прибытии гонца из Рязани и задержали его. Бутурлин был немедленно арестован. Не выдержав пытки, Бутурлин признался, что замышлял поднять восстание в столице. Чтобы устрашить патриотов, Салтыков велел посадить гонца Ляпунова на кол, Бутурлина бросили в тюрьму.
Гонения не испугали москвичей. Неизвестные лица вскоре же составили и распространили по всей столице обширное воззвание, озаглавленное «Новая повесть о славном Российском царстве, о страданиях святейшего Гермогена и новых изменниках».
Многие надеялись на то, что Гермоген возглавит нарождавшееся освободительное движение. Авторы прокламации разделяли эти надежды и в то же время видели затруднительность его положения. Призывая народ к оружию, они предупреждали своих единомышленников, что не следует ждать от патриарха действий, не совместимых с его саном.
В период Смуты каждое русское сословие выдвинуло из своей среды выдающихся вождей. Духовенство дало России Гермогена. В период зарождения земского освободительного движения его горячие призывы в защиту национальной независимости сыграли важную роль. Патриарх был одушевлен стремлением отстоять чистоту православной веры от безбожных латинян. Ради этого он готов был пожертвовать всем. Но его официальное положение прочно привязывало Гермогена к боярскому лагерю. Мстиславский клялся в верности православию, и Гермоген поэтому не решился полностью и окончательно порвать с ним. Калужский лагерь уже давно вел вооруженную борьбу против захватчиков. Но патриарх не желал иметь дела ни с калужскими казаками, ни с восставшими рязанцами. Трудность и неопределенность положения вели к колебаниям и порождали непоследовательность в действиях Гермогена.
В разгар зимы в окрестностях Москвы появился большой казачий отряд во главе с атаманами Андреем Просовецким и Мишей Черкашениным, сторонниками Лжедмитрия II. Казаки были отозваны из-под Пскова в Калугу, но в пути узнали о гибели своего государя. Не зная, что предпринять, атаманы обратились за советом к Гермогену. Преследуя давнюю цель ликвидировать воровские таборы в Калуге, патриарх повелел Просовецкому и его казакам без промедления принести присягу на верность Владиславу. Наказ казакам он скрепил своей подписью и печатью.
Патриарх давно простил вчерашних тушинских бояр. Но он не желал вступать в союз со вчерашними воровскими казаками. Их восстание грозило самим устоям существующего строя. Недоверие главы церкви к повстанцам доходило до того, что он отказывался видеть в них единоверцев. Молодой дворянин князь Иван Хворостинин записал слова, сказанные ему Гермогеном в Кремле. Со слезами на глазах старец обнял Хворостинина и молвил: «Говорят на меня враждотворцы наши, будто я поднимаю ратных и вооружаю ополчение странного сего и неединоверного воинства. Одна у меня ко всем речь: облекайтесь в пост и молитву!» Так говорил Гермоген о поднимающемся на борьбу земском воинстве.