За несколько лет службы Отрепьев занял при дворе Никитичей достаточно высокое положение. Это обстоятельство едва не погубило Юшку в тот момент, когда Романовых постигла царская опала. В окружении бояр Романовых, кроме таких преданных слуг, как Отрепьев, нашлись также и предатели. Мелкий помещик Бартенев, служивший казначеем у боярина Александра Никитича Романова, донес царю, что его господин хранит в казне волшебные коренья, с помощью которых намерен извести Бориса и всю его семью. Донос положил начало одному из самых громких колдовских процессов XVII века. После ареста Романовых в их казне действительно был найден мешок с кореньями, предъявленный Боярской думе в качестве решающей улики. Борис мог казнить Романовых за самое тяжкое государственное преступление. Но он предпочел отправить их в ссылку. Приставы, сопровождавшие опальных, говорили: «Вы, злодеи-изменники, хотели достать царство ведовством и кореньем!»
Обвинение в колдовстве явилось не более чем предлогом к расправе с Романовыми. Польские послы, находившиеся в то время в Москве, потратили немало усилий на то, чтобы установить причины опалы Романовых. Собранная ими информация особенно интересна потому, что она исходила от людей, симпатизировавших родне царя Федора.
Отрепьев поступил на службу к Романовым, ожидая их скорого восшествия на трон. Его мечты казались близки к осуществлению. В 1600 году здоровье Бориса резко ухудшилось. Как отметили поляки, русским властям не удалось сохранить в тайне болезнь царя, и в городе по этому поводу поднялась большая тревога. Для обсуждения сложившейся ситуации была спешно созвана Боярская дума. Бориса по его собственному распоряжению отнесли на носилках из дворца в церковь, чтобы показать народу, что он еще жив.
Ввиду близкой кончины Бориса возобновление борьбы за трон казалось неизбежным. Польские послы, наблюдавшие развитие кризиса, утверждали, будто у Годунова очень много недоброжелателей среди подданных, их преследуют, подвергают строгим наказаниям, но это не спасает положения.
Последующие события показали, что наибольшую угрозу для неокрепшей династии, как и прежде, таят в себе притязания бояр Романовых. По сравнению с худородным Годуновым Романовы имели гораздо больше прав на трон в качестве ближайших родственников — двоюродных братьев последнего царя из династии Калиты.
Своими поспешными и преждевременными действиями Романовы сами навлекли беду на свою голову. Ожидая близкой кончины Бориса, они собрали на своем подворье многочисленную вооруженную свиту. В воздухе запахло мятежом. Малолетний наследник Бориса имел совсем мало шансов удержать трон после смерти отца. Новая династия не укоренилась, и у больного царя оставалось единственное средство ее спасения. Борис должен был пресечь боярский заговор, разгромить отряды, с помощью которых заговорщики рассчитывали осуществить переворот, и, наконец, устранить с политической арены главных претендентов на трон.
Силы, собранные Романовыми, были столь значительны, что у стен боярского подворья произошло форменное сражение. 26 октября 1600 года в польском дневнике появилась следующая запись: