Когда стало ясно, что группа в назначенное время из похода не вернулась, в Москве озаботились главным с точки зрения государственной безопасности вопросом: «состоялась ли передача радиоактивного груза по назначению и если нет, то какова его судьба?» Непосредственно поисковую операцию Комитет не организовывал и организовывать не должен был, хотя возможно, негласную помощь оказал — в нужных кабинетах раздались телефонные звонки и кое-чей жирный зад получил хорошего пинка для ускорения.
В это же самое время подразделение контрразведывательного прикрытия производственного комплекса в Челябинске-40 при поддержке территориальных управлений осуществляло оперативную проверку информации об исчезновении двух секретоносителей — Кривонищенко и Слободина — числившихся в составе пропавшей группы туристов, и после подтверждения такой информации, занялся их поиском («поиск» в данном контексте означает не походы по снегу с лавинными зондами, а обнаружение упомянутых лиц в случае их выхода из леса и проводиться он должен был негласными методами). Данная работа проводилась вне всякой связи с московскими кураторами операции «контролируемой поставки», она преследовала цель вскрыть злой умысел в действиях секретоносителей, если таковой имел место и минимизировать урон от возможного предательства.
Когда на склоне Холат-Сяхыл была найдена пустая палатка и вскоре обнаружены первые трупы, Комитет организовал выезд в район трагедии московских специалистов по туризму. В интересах инициаторов операции было получить максимально объективную информацию, а не довольствоваться тем, что сообщат, попутно переврав, из Свердловска. Разумеется, всё было устроено так, что «руководящая инстанция» нигде не фигурировала, вполне возможно, что даже сами Бардин, Шулешко и Баскин не знали от кого именно исходит предложение ознакомиться с организацией поисковых работ.
Некоторое время картина случившегося в районе перевала оставалась неясной, а главное — была непонятна судьба вещей с изотопной пылью. В палатке они отсутствовали, а трупы Кривонищенко и Золотарёва (напомним, что труп Дорошенко в течение нескольких дней считался принадлежащим Золотарёву) были найдены раздетыми. Стало лишь ясно, что если Кривонищенко надевал на себя вещи, предназначенные для передачи, значит трагические события развернулись либо в день «рандеву», либо уже после встречи с иностранными разведчиками. Однако, находилась ли гибель тургруппы в причинной связи с этой встречей, никто сказать не мог. Поэтому в начале марта на перевале появился младший из братьев Кикоин, физик-ядерщик, призванный помочь в обнаружении вещей, однако его участие в поисковой операции никак не помогло прояснить их судьбу.
Когда 4 мая 1959 г. в ручье были обнаружены трупы последних четырёх членов группы и погребённый в толще снега «настил», студенты, находившиеся в составе поисковой партии, были немедля удалены из района раскопок. Вряд ли такая предусмотрительность являлась инициативой полковника Ортюкова, скорее всего, он выполнял «рекомендацию» КГБ, преследовавшую цель минимизировать распространение сведений о реальной обстановке в районе поисков (не надо забывать, что студенты, возвращаясь в Свердловск, обменивались информацией по этому вопросу с широким кругом заинтересованных лиц, в т. ч. и из нестуденческой среды). К этому времени инициаторы операции «контролируемой поставки», возможно, уже пришли к выводу о провале задуманной ими комбинации и подозревали самое худшее — насильственное умерщвление членов группы. Поэтому заблаговременная изоляция студентов с их точки зрения имела смысл и была полностью оправдана.
Последовавшее вскрытие трупов подтвердило самые мрачные опасения кураторов из Комитета. Следствию было рекомендовано стать на путь сокрытия ставших известными сведений и искажения картины случившегося. Судмедэксперты Ганс и Возрождённый, работавшие с телами убитых, скорее всего прекрасно поняли, что от них требуется, хотя при этом и ошибались с определением того, от кого исходит требование по искажению заключений (они должны были полагали, что «замыливает» дело областная прокуратура, между тем, команда шла с намного более высокого уровня). Отсюда проистекают те странные двойственность, неполнота и прямые исправления текстов последних судмедэкспертиз — Возрожденный с одной стороны, выполнял требования следователя Иванова, а с другой — явно опасался того, что через некоторое время его «подтянут» к ответственности за содеянное.