Он много работал с попавшими на Запад советскими людьми, преимущественно военнопленными, пытаясь отобрать среди них потенциально годных к разведывательной работе против СССР. Одновременно с этим Борис Фёдорович установил контакты с бывшими нацистами, определяя, кого следует отправить в тюрьму (в рамках проводимой союзниками денацификации), а кого — использовать в интересах США. MID и CIA руками бывших нацистов пытались обезглавить коммунистическое движение в Европе. Операция эта получила название «Бартоломью», со стороны ЦРУ её курировал начальник отдела специальных операций Уизнер, а со стороны военной разведки — Борис Пашковский. В рамках этой операции было совершено несколько десятков актов личного террора, направленных против крупных коммунистических и профсоюзных деятелей. Наиболее известные объекты атак — лидер итальянских коммунистов Пальмиро Тольятти, которого неудачно пытались взорвать в 1948 г., и глава бельгийской компартии Лео, убитый в 1951 г. Другая известная операция Пашковского той поры — очистка лагерей перемещённых лиц от просоветски настроенных людей, агитировавших за возвращение в СССР — получила название «Блудстоун» («Bloodstone»). Сколько людей погибло в рамках её реализации сказать невозможно, с уверернностью можно лишь утверждать, что масштабы эта чистка имела немалые. В октябре 1947 г. в лагере перемещённых лиц в местечке Миттенвальд среди заключённых произошла настоящая бойня, в результате которой погибло более 100 человек, преимущественно выходцев с Украины. Администрация лагеря выдала холодное оружие части содержащихся в нём лиц, в основном активным ОУНовцам, для того, чтобы те зачистили «агентов Кремля». Точное число убитых неизвестно, поскольку значительная часть погибших была сожжена в печах лагерной хлебопекарни. Бойня в Миттенвальде — всего лишь один из эпизодов «Блудстоуна».
Но в 1951 г. Борис Фёдорович Пашковский получил новое, пожалуй, самое ответственное в своей жизни назначение. Ему предложили возглавить работу по разведке объектов атомной промышленности СССР, о которых в то время американцы имели крайне отрывочные сведения. Условия ведения агентурной разведки в Советском Союзе были в то время исключительно тяжелы. В 1949 г. Министерство госбезопасности, возглавляемое Виктором Семёновичем Абакумовым, приняло беспрецедентную в истории цивилизованных спецслужб инструкцию по противодействию деятельности иностранных разведок на территории страны. Этот документ давал сотудникам МГБ самые широкие полномочия для проведения оперативной работы не только в отношении граждан СССР, но и иностранных дипломатов. На следующий год в составе МГБ было создано Бюро № 2, призванное взять на себя силовое противодействие иностранным разведчикам, либо лицам, принятым за таковых. Сотрудники Бюро под видом хулиганов совершали нападения на иностранцев, избивали и грабили их, воровали багаж иностранцев при переезде, вторгались в гостиничные номера, подобно ворам. А женщины-сотрудницы, действуя под видом проституток, опаивали снотворным и обворовывали иностранных клиентов. Да-да, буквально так, грубо, прямолинейно, без лишних затей… Задача перед сотрудниками Бюро № 2 формулировалась руководством предельно бесхитростно — создать для «шпионов» нетерпимую обстановку, дабы те просто-напросто боялись нос высунуть куда-либо кроме посольства, Красной площади и Большого театра.
Ярким примером предельно бесцеремонного стиля работы советской госбезопасности тех лет может служить история «разоблачения» трёх американских разведчиков в Волгограде летом 1955 г. Три сотрудника военного атташата США в чинах полковника, майора и капитана выехали в город на Волге в официальную поездку, разрешение на которую должным образом запросили шестью месяцами ранее в советском МИДе. Получив разрешение, американцы прибыли в Волгоград, прогулялись по улицам и набережным, имея при себе сканер радиочастот сантиметрового диапазона. Уяснить цель променада заокеанских гостей не составляло большой сложности — американцы пытались выяснить рабочие частоты советских РЛС, которые включались для тестирования на заводе-изготовителе. Для этого не надо было вторгаться на территорию завода, достаточно было пройтись по периметру вдоль забора, сканер ловил сигналы запускаемых передатчиков и показывал точную частоту настройки. Именно она и интересовала американских гостей.