Много раз Александр бывал на фронте, где, переодеваясь немецким военнопленным, выведывал у офицеров вермахта информацию. В прифронтовой зоне или за линией фронта он помогал советским разведгруппам разобраться в обстановке и оказывал практическую помощь.
В конце 1943 г. в звании полковника Александр Коротков вместе с советской делегацией находился в Тегеране на встрече глав стран антигитлеровской коалиции и обеспечивал безопасность ее участников.
В 1943 г. Александр несколько раз посещал Афганистан, где немцы намеревались устроить переворот и склонить страну к войне против СССР. Благодаря слаженной работе советских и британских спецслужб нацистскую агентурную сеть удалось нейтрализовать. Кроме того, во время войны Коротков неоднократно бывал в Югославии с заданиями по передаче маршалу И. Б. Тито посланий от советского руководства.
Когда Великая Отечественная война явно близилась к завершению, заместитель наркома госбезопасности И. Серов дал Александру следующее указание: «Отправляйся в Берлин, где тебе предстоит возглавить группу по обеспечению безопасности немецкой делегации, которая прибудет в Карлсхорст для подписания акта о безоговорочной капитуляции Германии. Если ее глава фельдмаршал Кейтель выкинет какой-либо номер или откажется поставить свою подпись, ответишь головой. Во время контактов с ним постарайся прощупать его настроения и не пропустить мимо ушей важные сведения, которые, возможно, он обронит».
Мероприятие прошло без эксцессов. На знаменитой фотографии момента подписания немецким военачальником Акта о безоговорочной капитуляции Германии можно увидеть Короткова, находящегося за спиной Кейтеля.
В послевоенный год «король нелегалов» возглавлял советскую агентурную сеть в Германии, поделенной на 4 оккупационные зоны. Штаб-квартира резидентуры располагалась в Карлсхорсте. Официально Коротков был заместителем советника Советской военной администрации, ему поручалось узнать о судьбе советских довоенных агентов и по возможности восстановить с ними отношения.
В феврале 1945 г. перед встречей в Ялте лидеров СССР, Великобритании и США в Москве прошло совещание руководителей разведки, на котором присутствовали многие самые высокопоставленные представители советских спецслужб. Рассматривался вопрос о том, сколько еще Германия сможет противостоять союзникам. В качестве главного эксперта А Коротков утверждал, что война закончится примерно через 3 месяца.
Жизнь многих агентов сложилась трагично, в частности антифашисты, в том числе и Брайтенбах погибли в подвалах тайной полиции Третьего рейха. Некоторые выжили только для того, чтобы по возвращении в Советский Союз сесть в тюрьму или быть расстрелянными. Кое-кто продолжил свою деятельность на благо Советского государства.
В 1946 г. Александр возвратился в Москву на должность заместителя начальника внешней разведки и руководителя ее нелегального направления и был непосредственно причастен к отправке в США В. Фишера (Р. Абеля). Коротков уже давно чувствовал недоверие к Р. Хейханену (выдал позже Фишера) и противился его назначению радистом, но начальство решило по-своему.
Работавшие с Коротковым разведчики вспоминали, что он отличался нестандартным мышлением, нелюбовью к стереотипам и штампам.
Например, нечасто руководители, вращавшиеся в кругу высокопоставленных лиц, продолжали дружить с рядовыми сотрудниками, выезжать с ними на рыбалку, по грибы, семьями посещать театры. При этом Александр всегда прислушивался к их мнению, учитывал его при совершенствовании деятельности разведаппарата. К его чести стоит сказать, что отношения эти были поистине дружескими, без лести, снисходительности и подобострастия. Удивительным образом в человеке, несмотря на его к тому времени уже генеральское звание, сочетались простота и требовательность.
Можно привести воспоминания разведчицы-нелегала Г. Федоровой: «С необыкновенным волнением вошла я в кабинет начальника нелегальной разведки. Из-за большого стола в глубине кабинета энергично поднялся высокий широкоплечий мужчина средних лет и с приветливой улыбкой направился мне навстречу. Обратила внимание на его мужественное волевое лицо, сильный подбородок, волнистые каштановые волосы. Одет он был в темный костюм безупречного покроя. Пронизывающий взгляд серо-голубых глаз устремлен на меня. Говорил низким приятным голосом, с доброжелательностью и знанием дела. Беседа была обстоятельной и очень дружелюбной. На меня произвели большое впечатление его простота в общении, располагающая к откровенности манера вести беседу, юмор. И, как мне показалось, когда бы он захотел, мог расположить к себе любого собеседника».