По мере того как линия фронта сокращалась, высвобождавшиеся опытные руководители и сотрудники направлялись на укрепление отделов СПП, ПФП и ПФЛ. По согласованию с Управлением уполномоченного Совета народного комиссариата СССР по делам репатриации, 1-м Управлением НКГБ СССР и Управлением НКВД СССР по делам военнопленных и интернированных и ГУКР НКО Смерш СССР был принят ряд решений, направленных на улучшение взаимодействия ведомств и повышение оперативности в обмене информацией. Это диктовалось не только необходимостью совершенствования фильтрационной работы, но и теми общественно-политическими изменениями, которые произошли на фронтах войны к концу 1944 г.
Союзники СССР по антигитлеровской коалиции — США, Великобритания и Франция — наконец начали активные боевые действия против фашистских войск в Западной Европе. В результате успешных наступательных операций из гитлеровских концентрационных и трудовых лагерей на свободу вышли сотни тысяч советских граждан. Началось их долгое, полное нелегких испытаний возвращение на родину.
В сентябре 1944 г. на приемные пункты фильтрации в Одессу и Мурманск морским путем из Франции и Великобритании были доставлены первые несколько сотен репатриантов. К 31 октября их число достигло 40 026. Спустя полгода общая цифра репатриантов, прибывших в СССР из Франции, Великобритании, Финляндии и еще семи стран, освобожденных союзниками от фашистов, составила 1 млн 448 тыс. 933 человека.
Подавляющее число репатриантов (927 783) после проверки контрразведчиками возвратились домой, 394 936 человек убыли на пополнение частей действующей армии и только 126 114 были направлены для углубленной проверки в спецлагеря НКВД.
Всего к концу 1945 г. через приемные пункты фильтрации в Одессе и Мурманске, а также СПП, ПФП и ПФЛ управлений Смерш фронтов, позже — групп советских войск, прошли 5 млн 290 тыс. 183 человека.
В 1945 г. на данном участке деятельности органов Смерш появился ряд новых особенностей. Они были обусловлены нарастающими политическими противоречиями между союзниками по антигитлеровской коалиции СССР, с одной стороны, и США, Великобританией и Францией — с другой. Первые порывы ветров будущей холодной войны, зарождавшиеся во властных кабинетах Вашингтона, Лондона, Парижа и Москвы, быстро загасили огонь боевого товарищества. Все чаще от советской разведки, а также в процессе проведения фильтрационной работы среди репатриантов контрразведчики Смерш получали данные о том, что спецслужбы союзников ведут двойную игру. Под различными прикрытиями американские, британские и французские разведчики осуществляли активную вербовочную и пропагандистскую работу среди советских граждан, склоняя их к сотрудничеству и отказу к возвращению на родину.
Так, 2 июля 1945 г. заместитель начальника Управления Смерш Центральной группы войск полковник И. Глина докладывал Абакумову:
Данные военных контрразведчиков подтверждала резидентура НКГБ во Франции. Начальник 1-го Управления (внешняя разведка) НКГБ СССР генерал П. Фитин уведомлял руководство Главного управления Смерш о том, что «по данным резидента НКГБ СССР в Париже, удалось установить, что только в одном Париже имеется 22 вербовочных пункта. Особенно активная роль отмечается со стороны эмигрантского бюро Маклакова, швейцарского и шведского консульств и многочисленных французских и англо-американских разведпунктов.
«Двер» — французская спецслужба — и «Секьюрити Милитер» ведут вербовочную работу по засылке своей агентуры к нам. Установлено, что одна девушка была подослана и устроилась на работу в аппарат нашего военного атташе».