Первичная проверка бывших советских военнослужащих и граждан, находившихся на принудительных работах в Германии, а также лиц из числа русской эмиграции проводилась на армейских сборно-пересыльных пунктах (СПП) и фронтовых проверочно-фильтрационных пунктах (ПФП). Их число не было постоянным и колебалось в зависимости от обстановки на фронтах и количества поступающего так называемого спецконтингента. Так, весной 1943 г., во время наступления Красной армии на Северном Кавказе, существовало всего два СПП. В мае 1945 г. только на одном 3-м Украинском фронте их действовало десять.
Армейские СПП и фронтовые ПФП не имели строго определенного штата руководящего и оперативного состава. Они формировались, исходя из обстановки. Работа на них проводилась последовательно. На первом этапе основные усилия контрразведчиков были сосредоточены на выявлении лиц, связанных с иностранными спецслужбами, причастных к совершению военных преступлений, запятнавших себя сотрудничеством с оккупантами. На каждое проверяемое лицо открывалось фильтрационное (учетное) дело, в котором содержались протоколы опроса (допроса) и заключение по результатам фильтрации. В отношении подозреваемых во враждебной деятельности заводилось дело-формуляр. В него помимо анкетных данных и опросных листов приобщались материалы оперативного характера. После завершения проверки на СПП и ПФП подавляющая часть лиц, прошедших фильтрацию, направлялись в части Красной армии.
Так, с 1 февраля по 4 мая 1945 г. на десяти СПП Управлением Смерш 3-го Украинского было проверено в общей сложности 58 686 человек. Из них 16 456 — бывшие военнослужащие Красной армии и 12 160 советских граждан призывного возраста, находившихся на принудительных работах в Германии. По результатам фильтрации 24 324 человека призвали в армию через полевые военкоматы. 1117 граждан других государств, на которых отсутствовали компрометирующие данные, репатриировали на родину, а 17 361 человек, не подлежавших призыву в армию, возвратились к себе домой. Остальные временно использовались на различных работах.
Оставшиеся 378, не прошедшие через фильтрационное «сито» Смерш и на которых поступили данные, указывающие на их связь с иностранными спецслужбами, запятнавшие себя службой в так называемой Русской освободительной армии (РОА) изменника генерала А. Власова и причастные к воинским преступлениям были взяты в активную оперативную разработку.
Следующий этап фильтрационной работы органов Смерш продолжался во фронтовых ПФЛ и основывался на материалах, добытых в процессе первичной проверки. Он занимал полтора — два месяца, что позволяло контрразведчикам в полном объеме использовать весь имеющийся в их распоряжении арсенал сил и средств: негласный аппарат, оперативно-технические средства, агентов-опознавателей. Основное внимание оперативного состава и следователей сосредотачивалось на получении документальных материалов, подтверждающих причастность подозреваемых лиц к тем или иным преступлениям.
За каждым из дел оперативной проверки стояла кропотливая и напряженная работа органов Смерш. По ее результатам из управлений фронтов, военных округов ежемесячно направлялись докладные в ГУКР НКО Смерш. Основной акцент в них делался на состоянии агентурно-оперативной деятельности и ее эффективности по выявлению вражеских агентов и гитлеровских пособников. В отдельном приложении к докладной записке излагалось существо добытых на них материалов.