Когда в 1946 году новое баварское правительство пригласило шестидесятитрехлетнего Гейндля в Мюнхен, чтобы он составил дактилоскопическую картотеку для Баварии, то ему показалось, будто он окунулся в атмосферу первых лет своей деятельности в Саксонии. Возвращение к местной раздробленности немецкой полиции отбросило мечты о централизованной уголовной полиции. В 1946–1949 гг., работая в Мюнхене, ему пришлось довольствоваться тем, что в здании бывшего прусского представительства в Баварии на Тюркенштрассе, 4, он заложил основу будущего ведомства земельной уголовной полиции, создав лабораторию под громким названием „Центральное управление идентификации преступников, полицейской статистики и службы полицейской связи". Основание естественнонаучной лаборатории началось в то время, когда в Германии не хватало самого необходимого. В 1949 году в химико-физическом отделении лаборатории Гейндля имелось два спектрографа, а в запущенном и поврежденном авиационными бомбами здании управления работало лишь несколько энтузиастов своего дела, служащих уголовной полиции и химиков. На этой шаткой основе с 1949 по 1963 год было создано немало, благодаря стараниям этих людей, и особенно прокурора Франца Майнерта, который в 1951 году возглавил центральное управление, а год спустя — ведомство уголовной полиции земли Бавария. До этого Майнерт долгие годы работал в Рурской области, в Восточной Пруссии и Мюнхене. Еще студентом в Марбурге он прочитал небольшую книжку Гейндля под названием „Криминалистическая техника" и с тех пор стал ярым сторонником научной криминалистики.
Человек, полный идей и одновременно достаточно энергичный и дипломатичный, чтобы лавировать в борьбе с неурядицами западногерманской и баварской политики в вопросах полиции, оставил сменившему его в 1959 году на этом посту ведомства Гансу Шнайдеру крупную научную лабораторию. Восемь ее отделений охватывали весь круг естественнонаучных и технических вопросов криминалистики.