Поход Семетея на Бейджин и борьба с коварным Конурбаем, также готовившимся к выступлению против кыргызов, во многом напоминает не только по фабуле, но и в подробностях «Великий поход» из первой части трилогии. Ни сказочная физическая сила, которой обладает Семетей и его ближайший сподвижник Кюльчоро, ни волшебство — ничего не могло одолеть неуязвимого Конурбая. В конце концов китайский богатырь был побежден, поддавшись на хитрость Кюльчоро.
После возвращения в Талас сам Семетей в борьбе с завистником Кыяз-ханом становится жертвой измены со стороны затаившего на него злобу Канчоро. Изменники становятся правителями. Айчурек насильно увезена Кыяз-ханом: закованы в кандалы и делят участь рабов Каныкей, Бакай, Кюльчоро.
Такой печальный финал поэмы «Семетей» не отвечал народному духу, и со временем создается третий генеалогический цикл — поэма о Сейтеке, внуке Манаса. Её главной темой является борьба героев против внутренних врагов — предателей и деспотов, нечестным путем захвативших власть и безжалостно угнетающих народ.
В Таласе кыргызы изнывают под игом изменника Канчоро и жаждут освобождения, а в другом царстве, в стране Кыяз-хана, рождается Сейтек — будущий герой поэмы. Умной Айчурек удается хитростью спасти ребенка от попыток Кыяз-хана умертвить его. Выросший среди пастухов Сейтек узнает о своей родословной, о родине, судьбах родителей и верных друзьях. Сейтеку удается вылечить парализованного богатыря Кюльчоро. С ним он совершает поход в Талас и при поддержке народа ниспровергает Канчоро. Итак, изменник и деспот наказан, народу возвращена свобода, справедливость восторжествовала.
Казалось бы, на этом должна быть закончена эпопея. Однако она имеет различное продолжение у разных сказителей.
У С. Каралаева, от которого записаны все три части эпоса, на кыргызов нападает сын Джельмогуза.
У сказителя Ш. Рысмендеева, также продиктовавшего все три части эпоса на Талас совершает поход не мифологический Сары-бай, а вполне реальная фигура — сын знаменитого Конурбая по имени Куялы. Изложенная выше фабульная схема каждого цикла характерна для всех известных вариантов эпоса и составляет его основной сюжет. Однако, сопоставляя варианты, записанные со слов разных сказителей, нетрудно заметить некоторые тематические и сюжетные расхождения.
Так, походы Манаса на Север и Запад есть только у сказителя Сагымбая Орозбакова, паломничество Чубака в Мекку только у Саякбая Каралаева. Иногда общеизвестный мотив объединения кыргызских племен заменяется мотивом объединения тюркских племен.
В эпосе «Манас» прослеживаются следы древнего тенгрианского верования кыргызов. Так, главные герои перед походами клянутся, поклоняясь небу и земле.
Иногда предметом поклонения является боевое оружие или огонь:
Конечно, ислам также нашел свое отражение, хотя исламизация эпоса имеет, надо сказать, поверхностный характер, заметна больше всего в мотивировках действий. Так, одной из главных причин ухода Алмамбета из Китая послужило принятие им мусульманства.
Безусловно, исламские мотивы введены в эпос «Манас» сказителями позднейших веков.
В любом варианте положительные персонажи: Манас, Алмамбет, Бакай, Каныкей, Сыргак, Чубак, Семетей, Сейтек, Кюльчоро — наделены чертами настоящих героев — беспредельной преданностью своему народу, стойкостью, выдержкой, мужеством, находчивостью, готовностью пожертвовать жизнью в интересах родины. Эти бессмертные качества патриота проявляются героями не на словах, а в поступках и действиях в различных ситуациях, при самых трагических обстоятельствах.
Героический эпос «Манас» дорог еще и тем, что описываемые в нем события имеют реальную основу. Они отражают историю формирования кыргызского народа из родов и племен, о чем свидетельствуют передаваемые устами Манаса строки:
События, которые решали судьбу кыргызского народа, нашли в эпосе яркое отражение. Встречающиеся в нем загадочные имена людей, названия городов, стран, народов отражают те или иные события различных этапов истории народа. Центральный батальный эпизод «Великий поход» на Бейджин напоминает победу кыргызов в IX в. над уйгурами с захватом их городов, в том числе и Бейтин (или Бейчжен), возвращенных обратно только в конце X в.