Свою деятельность территориальные органы осуществляют под руководством федерального органа, а по вопросам, входящим в компетенцию субъекта РФ, — во взаимодействии с их соответствующими исполнительными органами. Для предотвращения зависимости территориальных органов от администраций субъектов РФ, сращивания центральной и региональной элиты в целях удовлетворения корыстных интересов создаются межрегиональные, общие для нескольких субъектов РФ представительства.
Информацию для осуществления деятельности территориальные органы получают от министерств и ведомств, органов исполнительной власти субъектов РФ, органов статистики, предприятий и организаций независимо от форм собственности. Число территориальных подразделений федеральных органов исполнительной власти определяется количеством федеральных министерств и ведомств, имеющих свои представительства в субъекте Федерации, и может составлять несколько десятков. Основными из них являются подразделения силовых министерств, экономические службы, органы надзора.
Финансирование деятельности территориальных органов производится, как правило, за счет средств федерального бюджета, а также бюджетов субъектов РФ. Устанавливаются предельная численность и фонд оплаты труда работников территориальных органов. Органы исполнительной власти субъектов РФ оказывают помощь территориальным органам в создании необходимых для работы условий.
Высшим должностным лицом субъекта Российской Федерации (руководителем высшего исполнительного органа государственной власти субъекта Российской Федерации) может быть гражданин Российской Федерации, не имеющий гражданства иностранного государства либо вида на жительство или иного документа, подтверждающего право на постоянное проживание гражданина Российской Федерации на территории иностранного государства, и достигший возраста 30 лет.
Наименование должности высшего должностного лица субъекта Российской Федерации (руководителя высшего исполнительного органа государственной власти субъекта Российской Федерации) устанавливается конституцией (уставом) субъекта Российской Федерации с учетом исторических, национальных и иных традиций данного субъекта Российской Федерации. Например, президент (республики Адыгея, Бурятия, Тыва и т. д.), глава республики (Республика Коми), председатель правительства (Карелия и Хакасия), губернатор (Тверская, Ленинградская области, город Санкт-Петербург и т. д.), глава администрации (Костромская, Новгородская области и т. д.). В ряде регионов допускается двойное название: «глава администрации (губернатор) области» (Ростовская, Омская, Калининградская и т. д.), «губернатор (глава администрации) области» (Самарская, Нижегородская). И лишь в Москве — городе федерального значения высшее должностное лицо именуется мэром.
Ранее высшее должностное лицо субъекта РФ избиралось гражданами РФ, проживающими на территории субъекта РФ, на основе всеобщего, равного и прямого избирательного права при тайном голосовании. Однако изменениями, которые были внесены в Федеральный закон 11 декабря 2004 г., установлен иной порядок назначения высшего должностного лица субъекта РФ. (Положение о порядке рассмотрения кандидатур на должность высшего должностного лица (руководителя высшего исполнительного органа государственной власти) субъекта РФ утверждено Указом Президента РФ от 27 декабря 2004 г. № 1603.)
Гражданин Российской Федерации наделяется полномочиями высшего должностного лица субъекта РФ (руководителя высшего исполнительного органа государственной власти субъекта РФ) по представлению Президента РФ (с предварительным представлением не менее двух кандидатур на данную должность полномочным представителем Президента РФ в федеральном округе на основе проведенных консультаций в Администрацию Президента РФ) законодательным собранием субъекта РФ. При этом он может быть наделен полномочиями высшего должностного лица субъекта РФ на срок не более пяти лет. Предложение о кандидатуре высшего должностного лица субъекта РФ вносится Президентом РФ после предварительных консультаций в законодательный (представительный) орган государственной субъекта РФ не позднее чем за 35 дней до истечения срока полномочий высшего должностного лица субъекта РФ.
Законодательный (представительный) орган государственной власти субъекта РФ рассматривает представленную Президентом РФ кандидатуру высшего должностного лица субъекта РФ (руководителя высшего исполнительного органа государственной власти субъекта) в течение 14 дней со дня внесения представления. В случае если конституцией (уставом) субъекта Российской Федерации предусмотрен двухпалатный законодательный орган государственной власти субъекта Российской Федерации, решение о наделении гражданина Российской Федерации полномочиями высшего должностного лица субъекта Российской Федерации принимается на совместном заседании палат.