Слюна может содержать до 109 микробных клеток / мл (Maukonen J., 2008). С учетом ротовой полости, количество микроорганизмов составляет 75 % от всех представителей микрофлоры, заселяющей организм человека (Кучумова С. Ю., 2011). Пищевод и желудок контаминированы микроорганизмами, попадающими сюда с пищей и из полости рта. В желудке количество бактерий незначительное (менее 102 / мл), что связывают с кислотностью его содержимого. В связи с влиянием желудочного бактериального барьера проксимальные отделы тонкой кишки колонизируются относительно простыми микробными сообществами (до 103 / мл), представленными преимущественно Гр+ бактериями (Hayashi H., 2005). У 30–50 % здоровых людей содержимое тощей кишки стерильно (Плотникова Е. Ю., 2013). Только в подвздошной кишке, с уменьшением перистальтики и кислотности микробное изобилие и разнообразие разновидностей значительно увеличивается (Wilson M., 2005). Самые богатые микробные сообщества находятся в толстой кишке, где более медленная перистальтика и доступные питательные вещества (Macfarlane S., 2003). Видовая «этажность» расселения микробов определяется величиной рН и концентрацией кислорода. По мере продвижения кишечного содержимого повышается рН среды (Cummings J. H., 1991) и снижается парциальное давление кислорода. При этом преимущественно Гр+ флора сменяется Гр-, а облигатные анаэробы начинают преобладать над аэробами (Мечетина Т. А., 2011). Нерастворимые нутриенты способствуют формированию уникального пристеночного микробиоценоза, отличающегося от внутрипросветной флоры и флоры фекалий (Leitch E. C., 2007; Walker A. W., 2008).
Основная масса микробов приходится на мукозную микрофлору, лишь незначительная часть нормальной кишечной микрофлоры находится внутри просвета кишки (Григорьев П. Я., 2004, Логинов А. С., 2000; Чернин В. В., 2010). При этом количество анаэробных бактерий в организме человека значительно превышает количество аэробов (Воробьев А. А., 1999), и составляет 99 % спектра микробиоты кишечника (Wilson M., 2005).
Общее число видов микроорганизмом, заселяющих кишечник, на настоящий момент колеблется от 600 до 1000 (RajilicStojanovic M., 2007; Ардатская М. Д., 2011; Кучумова С. Ю., 2011). В настоящее время известно 55 видов бактерий эволюционно способных заселить ЖКТ, и большинство (99 %) принадлежат четырем видам: Гр+ Firmicutes и Actinobacteria и ГрBacteroidetes и Proteobacteria. (Rajilic-Stojanovic M., 2007; Tap J., 2009; Eckburg P. B., 2005).
Считается, что закодированный микробиоматерией «микробиом» (генный набор всех микробов колонизации) содержит в 150 раз более уникальные гены, чем закодировано человеческим геномом (Qin J., 2010). У различных колоний может быть чрезвычайно переменный геном и фенотипические черты (Lapierre P., 2009), которые формируются как результат совместного с иммунной системой хозяина созревания микробиоты с момента первичной колонизации (Dethlefsen L., 2006), что подтверждают результаты исследований (Gill N., 2011; Norin E., 2010). Таким образом, утверждение о том, что «микрофлора человека индивидуальна как отпечаток пальцев» (Ардатская М. Д., 2011) является правомерным.
Динамика микробиоценоза кишечника человека в онтогенезе. Нормальная микрофлора изменяется на протяжении всей жизни в зависимости от влияния различных факторов, однако к периоду полового созревания ее профиль становится относительно стабильным. Микрофлора новорожденных весьма отличается от микрофлоры взрослых, которая, в свою очередь, несколько отлична от таковой у пожилых (Gordon D. M., 2006; Rambaud J. C., 2006).
Так, в 2010 году были опубликованы данные Cavalieri (2010) по исследованию состава микробиоценоза ЖКТ у 30 здоровых, нормально развивающихся детей в возрасте от 1 до 6 лет в двух группах из Буркина-Фасо и Италии, отличающихся по характеру питания, последующего за грудным. Для оценки состояния микрофлоры использовали ДНК-секвенирование. Авторами было показано, что в период естественного вскармливания основные характеристики компонентов микрофлоры ЖКТ в сравниваемых группах были сопоставимы. Но когда дети начали получать твердую пищу, характерную для региона проживания, различия в микрофлоре стали выглядеть несколько иначе. По сравнению с европейскими детьми, бактерии, представленные в микрофлоре ЖКТ африканских детей были более разнообразными, что позволяет детям более быстро адаптироваться к различным диетам. Эти бактерии не только обладали выраженными пробиотическими свойствами, но также были уникальными штаммами бактерий, которые не были обнаружены у европейских детей. Для этих микроорганизмов были показаны выраженные противодиарейные и противовоспалительные свойства (Плоскирева А. А., 2010).