В 1906 году у Мора в Тюбингене вышла книга Швейцера о поисках «исторического Иисуса» — «От Реймаруса до Вреде...». Все предотъездные годы Швейцер работал над подготовкой этой книги ко второму изданию.
При всем этом он с большой серьезностью относился к своим медицинским занятиям. Он знал, что, когда он очутится в джунглях, рядом с ним не будет ни Маделюнга, который помог бы ему в хирургических операциях, ни Фехлинга, который дал бы добрый совет при трудных родах, ни Розенфельда, который помог бы диагносцировать душевнобольного, ни Леви с его лабораторией бактериологических исследований, ни Арнольда Кана, который посоветовал бы наилучшее для данного случая лекарство.
Курс фармакологии и практические занятия Арнольда Кана Швейцер посещал с особым усердием: он словно видел перед собой вереницу темнокожих пациентов, их глаза, говорящие о страдании, — и тысячи названий лекарств, из которых он под свою ответственность должен выбрать одно, лучшее. Впрочем, научной стороной вопроса и лекциями старенького Шмидеберга он интересовался не меньше, чем практической фармакологией.
Весной 1908 года у Швейцера был практический экзамен по гинекологии. Приват-доцент с теологического факультета принимал роды. Схватки продолжались всю ночь, а к утру положение осложнилось некоторыми привходящими обстоятельствами. В одиннадцать часов утра Швейцер должен был венчать в церкви святого Николая свою старинную подругу и подружку Елены, дочь профессора Кнаппа, Элли Кнапп и ее жениха, молодого политика Теодора Хейса. Жених, невеста и сопровождавшие их друзья уже были на месте и начинали изрядно нервничать, когда у церкви появился, наконец, экипаж с молодым пастором в белом врачебном халате. Швейцер второпях сменил белый халат на облачение священнослужителя, и церемония началась. Через много-много лет невеста (тогда уже супруга президента) вспоминала врезавшиеся ей в память слова проповеди:
«Высшее вдохновение этого момента не в том, что двое поклялись в своем сердце жить друг для друга, а в том, что они приняли решение в сердце своем жить вместе для служения какому-то делу... Только те поймут великие задачи нашего времени, кто поймет, что всякое служение, всякая попытка улучшить человечество и добиться прогресса должны вести к созданию нового духа».
В 1908 году вышло, наконец, из печати расширенное немецкое издание «Баха», которому суждена была долгая жизнь и перевод на многие языки мира, в том числе и на русский. Выход этой книги сильно облегчил материальное положение Швейцера, укрепил его надежды на выполнение нелегкой задачи, которую он перед собой поставил.
В 1909 году Елена проводила свои каникулы в России. После каникул она собиралась уезжать на курсы медицинских сестер во Франкфурт. В это самое время в университетской клинике стажировалась медицинская сестра фрау Морель, жена священника Мореля из Ламбарене. Швейцер очень хотел, чтобы Елена услышала обо всех трудностях работы в районе реки Огове, и зазвал фрау Морель в гости. Фрау Морель пришлось ответить на такое количество вопросов, что она упала в обморок. Когда она очнулась, Швейцер, решивший, что они услышали достаточно много для того, чтобы испугаться, объявил об их с Еленой помолвке. По существу, это было подтверждением того, что решимость их не поколеблена. Елена уехала учиться во Франкфурт, а Швейцер снова засел за медицину.
Пока прилежный студент медицинского факультета корпел в анатомичке, штудировал скелет человека, заучивал названия и назначение лекарств, в Европе ширилась его популярность музыканта, музыковеда-эстетика, философа и теолога. В 1909 году музыканты-органисты, собравшиеся в Вене на конгресс Международного музыкального общества, увидели его в своем кругу, как одного из величайших в мире авторитетов в области органостроения.
Швейцер считал, что музыкант должен знать все о своем искусстве. В книге о Бахе Швейцер писал, что этот музыкальный гений, «человек с таким ясным пониманием всего, что касалось его искусства», обладал необычайной проницательностью даже в практических вопросах архитектуры зданий. Швейцер с восхищением цитировал одно из воспоминаний о Бахе:
«Когда он был в Берлине, ему показали новый оперный театр. Все, что в строении здания относилось к его акустическим свойствам, хорошее или дурное, что другие открыли только на опыте, он обнаружил с первого взгляда... Он обошел расположенную сверху галерею, окружавшую фойе, осмотрел потолок и сказал, более не обследуя помещения: „Архитектор, быть может, и сам того не желая, устроил здесь фокус, о котором никто не подозревает: если кто-нибудь станет в углу удлиненного четырехугольника фойе лицом к стене и шепотом что-либо скажет, то тот, кто стоит в противоположном углу лицом к стене, ясно услышит каждое слово; в середине же зала или в каком-либо другом месте ничего не будет слышно“. Это зависело от направления арки на потолке, особенность которой Бах обнаружил при первом взгляде».