Когда Швейцер поправился, бургомистр Страсбурга, тот самый Швандер, старый приятель по студенческому кружку, предложил ему место врача в муниципальной больнице. В ведении доктора Швейцера были теперь две женские палаты в кожном отделении.
Через два месяца после перемирия доктору Швейцеру исполнилось сорок четыре. В день его рождения Елена родила ему дочь, которую супруги назвали Реной.
Наступил 1919 год. Швейцер работал в страсбургской муниципальной больнице и даже Елене, наверное, не мог бы признаться, что думает о Ламбарене.
В эти годы он часто приходил к мосту через Рейн, настолько часто, что пограничники и таможенники стали принимать его как своего. Он приносил рюкзак с провизией для друзей с германской стороны. Там царил голод, и он пытался выручить из беды фрау Козиму Вагнер и старенького художника Ганса Тома. Безумию мира могла противостоять только доброта человека.
Однажды Швейцер проходил мимо Нейдорфского вокзала в Страсбурге и увидел в толпе знакомое и любимое лицо. Это был старенький профессор Шмидеберг, читавший им теоретический курс фармакологии. Французская администрация решила выслать его как опасный элемент, и теперь он ждал транспорта для ссыльных, с каким-то увесистым свертком под мышкой, но без чемоданов, как и все. Швейцер пробрался через толпу и спросил, не может ли он спасти вещи профессора, его мебель, хоть что-нибудь. Профессор сказал, что в этом вот свертке его последняя работа о дигиталисе и что строгий французский сержант, конечно же, не разрешит ее провезти. Швейцер забрал работу учителя и вскоре переправил ее с надежным человеком автору в Баден-Баден. Ссыльный профессор недолго прожил после выхода своей последней работы.
1919 год был тяжелым для Швейцера. Он работал над хоральными прелюдами Баха и ждал, когда придет из Ламбарене остальная часть труда — готовые вчерне три тома прелюдов. Потом выяснилось, что американский издатель передумал и не будет продолжать издание. Швейцер ждал из Ламбарене и рукопись своей «Философии культуры», но посылки все не было. Свободного времени у него оставалось мало, и настроение чаще всего было подавленное. К тому же осложнение от дизентерии все еще мучило его, и летом ему пришлось перенести вторую операцию. Вот он и сам познал боль, лежа на койке и с тоской вспоминая свою больничку на берегу Огове.
Казалось, что все кончилось, что ничего больше не будет — ни самозабвенного труда в Ламбарене, ни ночных озарений, ни концертов... Он иногда чувствовал себя старым пятаком, закатившимся под диван и там забытым.
К этому времени относится еще один вид деятельности Швейцера, почти не упоминаемый биографами: он редактировал «Церковный вестник Эльзас-Лотарингии». На страницах этой газеты Швейцер старался утешить своих соотечественников-эльзасцев, напомнить о путях надежды. «Что сказать об ушедшем годе? — писал он в новогоднем номере газеты. — Это было тяжелое время для всех нас, может быть, самое тяжелое...»
В одном из номеров «Вестника» редактор и автор его Швейцер вдруг высказал сочувствие к заклятой революционерке Розе Люксембург, которую немецкая церковь считала исчадием ада. Конечно, Швейцер не стал революционером: просто, комментируя тюремные записки Р. Люксембург, он отметил ее милосердие к животным, разглядел в ней «благородную душу». Впрочем, и это прозвучало диссонансом в дружном хоре ненависти.
В тяжелом настроении встретил Швейцер грустную осень 1919 года, когда известный теолог, шведский архиепископ Натан Седерблом начал справляться о судьбе эльзасского теолога, который, говорят, томится где-то во французском лагере. Седерблом написал по этому поводу архиепископу Кентерберийскому, который тоже много слышал до войны о смелом ученом. Швейцер, конечно, ничего не знал об этих розысках.
Первый луч надежды блеснул для него в октябре 1919 года: барселонские друзья из «Орфео Катала» прислали ему приглашение на концерт. Он с трудом наскреб денег на дорогу; эта поездка служила для него подтверждением, что он еще значит кое-что как музыкант, как знаток Баха.