29 апреля 1904 г. Сорокина зачислили в действующий флот (в 19-й флотский экипаж); 12 июля его произвели в прапорщики по морской части и перевели в 20-й флотский экипаж, а ровно через месяц назначили вахтенным начальником (с 22 мая 1905 г. – исполняющим должность младшего штурмана) крейсера «Аврора».
Крейсер в составе 2-й Тихоокеанской эскадры 2 октября 1904 г. вышел из Либавы на Дальний Восток под командованием капитана 1-го ранга Е. Р. Егорьева. Но, до того как корабль пришел к месту самого трагического сражения в истории Русского флота, ему и его экипажу предстоял тяжелый 224-суточный переход, который авроровцы с честью выдержали.
Во время сражения 14–15 мая 1905 г. «Аврора», следуя в составе крейсерского отряда адмирала О. А. Энквиста за головным крейсером «Олег», в начале дневного боя 14 мая прикрывала с востока колонну русских транспортов. С 14.30 до 16.30 корабль вел бой с превосходящими силами японского флота. Затем «Аврора» вместе с другими крейсерами ушла под защиту колонны русских броненосцев и прекратила бой.
Крейсер получил 18 попаданий снарядами калибром от 8 до 3 дюймов. Осколки одного из 75-мм снарядов попали в боевую рубку и ранили большинство из находившихся там офицеров. Командир корабля капитан 1 ранга Е. Р. Егорьев был смертельно ранен, командование кораблем принял старший офицер капитан 2 ранга А. К. Небольсин, сам получивший серьезное ранение.
Во время сражения М. Я. Сорокин командовал вторым плутонгом крейсера. Михаил Яковлевич смог затушить пожар, возникший в батарейной палубе. Упомянул нашего героя в своих воспоминаниях судовой врач корабля В. С. Кравченко: «
Всего в бою было убито 10 человек (их всех похоронили в море) и 89 ранено (из них 6 – смертельно и 18 – тяжело). У Сорокина оказались повреждены барабанные перепонки. Последствия этого (глухоту) он ощущал всю жизнь.
Корабль получил повреждения корпуса и надстроек, частично вышла из строя система управления артиллерийским огнём, были разбиты одно 152-мм и пять 75-мм орудий. В ночь на 15 мая адмирал Энквист, предвидя полное поражение русской эскадры, принял решение увести оставшиеся у него три крейсера на юг. Следуя за флагманом, «Аврора» форсировала ход, в темноте оторвалась от преследования японских кораблей и после морского перехода 21 мая прибыла в порт Манилу на Филиппинах, где 25 мая 1905 г. была интернирована. После окончания войны крейсер 19 февраля 1906 г. вернулся на Балтику.