Король увлекался церковными делами и богословскими вопросами так же сильно, как своими фаворитами. Порою он высказывал такие суеверные воззрения, которые смешили даже его современников, не отличавшихся свободой от предрассудков. Эдуард Гоби замечает в одном письме к Томасу Эдмондсу (19 ноября 1605 г.): "Король заявил в одной парламентской речи, что считает четверг самым счастливым днем в неделе. При этом он ссылался на свое освобождение из замка Гоури (из рук братьев Рутвен) и на недавнее событие (т. е. на "пороховой заговор"). Он заметил, что оба эти события произошли к тому же 5 числа. И он закончил свою речь требованием, чтобы парламентские заседания открывались только по четвергам". Иаков поддерживал духовенство не столько из-за религиозных мотивов, сколько из желания упрочить королевскую власть. Вместе с тем он хотел распространить свою любимую теорию, что все вопросы, без исключения, должны решаться последней инстанцией - его проницательной мудростью. Известно, что тогда светские и духовные суды постоянно между собою враждовали. Первые очень часто отрицали право последних разбирать известные процессы, пока они не докажут свою компетентность. Церковь, в свою очередь, утверждала, что оба суда друг от друга не зависят, и что духовный суд получил свои права непосредственно от самой короны. В 1605 кентерберийский архиепископ подал королю жалобу на светских судей, а эти последние апеллировали к парламенту. В это самое время один из главных защитников пуритан, Фоллер, вел процесс двух людей, обвиненных в ереси. Эти последние порядочно пострадали от церковного суда. Он и стал отрицать право этого суда назначать денежные пени и тюремные аресты. Он называл это учреждение папским. Впоследствии он сам за неосторожное суждение был приговорен к тюремному заключению и отпущен на свободу только после того, как принес покаяние. Но вопрос о взаимных отношениях между светскими и духовными судами еще долго потом волновал умы. В этом споре король стоял, конечно, на стороне последних, чтобы избавиться от контроля парламента. Напротив, верховный судья Кок защищал светский суд. Однажды он позволил себе заметить, что король обязан уважать законы страны, а эти законы не признают духовных судов. Тогда Иаков поднял руку и, вероятно, ударил бы Кока (как некогда юный Генрих V ударил верховного судью), если бы испуганный Кок не бросился перед ним на колени, умоляя о прощении.
Так как король отличался строгой ортодоксальностью, то он вмешивался во все богословские споры. Один голландский профессор богословия, Конрад Форстиус, высказывал, по его мнению, еретические взгляды. Но даже в Голландии, где большинство теологов отличалось правоверностью, никто не находил проповедническую деятельность Форстиуса предосудительною. Голландские дипломаты и купцы-патриции склонялись вообще к веротерпимости. Однако Иаков напал на Форстиуса так страстно и так грубо, что его поневоле отставили от должности, боясь расстроить дружественные отношения с Англией. В самый разгар этой полемики были уличены в ереси некие Эдуард Уайтмен и Бартоломью Лигет. Последний чистосердечно признался, что он арианец и уже несколько лет, как не молился Христу. Тогда Иаков пришел в бешенство. Если Елизавета сожгла двух еретиков, то почему и ему не поступить так же, тем более, что общество видело в таком наказании только правосудие, а не жестокость. В марте 1612 года оба несчастных были сожжены.