И все же за всем этим буйством фантазии пытливый исследователь усмотрит элементы подлинного первоначального текста письма, который искажался и перерабатывался переписчиками, возможно даже сознательно, поскольку человеческой природе свойственно воспринимать духовные ценности и силы в категориях физических, то есть в виде материальных богатства и могущества. То, что это письмо не вымысел, а имеет под собой вполне реальную почву, подтверждают как благоговейная убежденность средневековых летописцев в реальности его автора, так и популярность самого письма. В крупнейших библиотеках Западной Европы до наших дней сохранилось более ста различных рукописей с его текстом. Его неоднократно переводили на старонемецкий язык, благодаря чему оно оказало огромное влияние на произведения Альбрехта фон Шарфенберга и других авторов того времени.
Папа Римский Александр III тоже чрезвычайно заинтересовался этим таинственным царем после того, как ему о нем поведал личный лейб-медик Папы Филипп, только что возвратившийся из Азии. Желая втайне привлечь Иоанна к католической церкви, Александр III в 1177 году направляет к нему из Венеции Филиппа с письмом к «возлюбленному, во Христе пребывающему Иоанну, прославленному и благородному царю Индийскому, епископу преосвященному», в котором призывает его примкнуть к католицизму. В письме Александр просит передать с послами ответную депешу. О дальнейшей судьбе Филиппа история умалчивает, и до сих пор неизвестно, удалось ли ему отыскать эту таинственную личность.
В начале XIII века имя царя Иоанна всплывает вновь: в Палестине стали распространяться упорные слухи, что на помощь терпящим поражение крестоносцам идет наперсник царя, покоривший уже не одно государство. Впоследствии оказалось, что этим «наперсником» был Чингисхан, правитель монголов, который действительно в 1244 году взял Иерусалим.
Известно также, что Папа Иннокентий IV посылал на Восток целых три миссии, последнюю — в 1253 году во главе с Вильгельмом Рубруком. Сохранилось описание этого путешествия. Всем миссионерам, помимо прямого задания обращать монголов в христианскую веру, было дано также тайное поручение найти пресвитера Иоанна и его царство. Однако все, что смогли узнать посланники, сводилось к тому, что слухи об этой личности относятся к какому-то правителю катаев, или кидушей, и найманов, которого несториане называли царем Иоанном. Но более точных сведений о существовании этого правителя ни от кого получить не удалось.
Можно отметить и письма францисканца Монте Корвино, датированные 1305 и 1306 годами, где он упоминает о живущем в Индии несторианском царе Георгии, называемом также индийским пресвитером Иоанном, которого он якобы обратил в католическую веру. О нем же говорит в описании своих путешествий по Азии и знаменитый Марко Поло, который считает Георгия шестым царем со времени пресвитера Иоанна. В конце XV века король Португалии, посылая знаменитого мореплавателя Васко да Гама в Индию вокруг Южной Африки, дал ему также поручение и к царю Иоанну. Однако, как видим, никто из этих людей так и не нашел легендарного правителя и даже не отыскал более или менее точных путей к нему.
В Средние века очень популярным было описание путешествия Иоганна Мондевиля (1356), где изображалось царство могущественного священнослужителя Иоанна далеко на Востоке, «вблизи от рая». А Иоганн Гесе в своей фантастической повести «Итинерариус» (ок. 1489) распространяет власть царя-священника «до самых крайних пределов земли», включая в его царство и земной рай, который находится на вершине огромной горы Эдем, настолько крутой, что взобраться на нее невозможно. По вечерам, когда солнце заходит за гору, видна очень прозрачная (ледяная?) и красивая стена рая. В этой стране находится и чудесный остров блаженных, называемый Radix paradysi («корень рая»), где три дня пролетают как три часа. Так воображение поэта стремится слить воедино различные представления о стране обетованной своего сердца.
Но на этом слухи и упоминания об Иоанне не иссякли. В XV веке появилась новая версия этой легенды. Марко Поло в своих трудах называл Среднюю Индию Абасией, каковре название позже начали смешивать с Абиссинией, потому и пресвитера Иоанна стали искать в Эфиопском государстве. Туда отправляются посольства, признавшие абиссинского правителя, обладавшего в то время большой властью и имевшего сильное влияние на другие народы Африки, в качестве царя Иоанна. Вот почему абиссинский негус до последнего времени к прочим своим титулам прибавлял и эпитет «царь царей». Такой взгляд господствовал до XVII века, когда Абиссиния именовалась еще «царство пресвитера Иоанна» (Regnum Presbyteri Johannis). Однако, в конце концов, и эта версия была признана ошибочной.