Колокольный набат не смолкал ни днем, ни ночью, но чудодейственные звуки не могли пересилить мор, не щадивший и духовенство. В Верхнем городе в одном из монастырей слегло более половины монахов, каждый день пополнялись ряды Смерти.
Военные ежедневно обходили дома, изолируя больных от домочадцев, сортируя, кого в изолятор, а кого – на остров. Многие жители пытались бежать на лодках по реке или через холмы, окружающие город. Кому-то удавалось, а большинство пало от метких выстрелов солдат. Мороз уже начал сковывать реку белым панцирем, что сделало бегство еще более опасным: быстрое течение не давало реке полностью замерзнуть, оставляя множество скрытых полыней-ловушек. Надежды на то, что холода собьют эпидемию, не оправдались. На улице было морозно, а внутри жилищ – уютно и тепло. Единицы прислушивались к рекомендациям лекаря проморозить дом, открыв двери, ставни. По его указу в лазарете к мучениям больных, в основном пребывающих без сознания, добавилось еще одно – пытка холодом.
Лекарь Митрофанов записал в свой дневник: „…я беспрестанно находился в занятиях, старался противиться моровой язве и уничтожать ее. Почти каждый день осматривая зараженных, я никогда не прикасался к ним, не исследовал их пульса, напротив, часто окуривал, проветривал дома свое платье и постель; раза два в день жег нефть, которую я применял и в лазаретах, и, таким образом, остался неприкосновенным. В одном из монастырей умерло около 60 монахов, а из певчих и прислужников более 80. Напротив того, другой монастырь, находящийся невдалеке, остался невредим, потому что эта обитель заперлась и не имела никакого сообщения с городом“.
Но вскоре Сила Митрофанов сам заболел и был обречен.
Как только болезнь добралась до окрестных сел и начала отправлять крестьян в могилы, там стали выставлять воинские караулы – для изоляции от внешнего мира. Боязнь карантина и смерти вынудила деревенских жителей бороться с распространением хвори жестоко и эффективно – они сжигали дома вместе с заболевшими. Считалось, что эта болезнь от дьявола, и больной ничем не отличается от колдуна, наводящего порчу и смерть на людей и животных.