В дни, когда в России народ взял власть, в свои руки, Сергей Васильевич Лебедев оказался в той группе русской интеллигенции, которая не покинула свою Родину, не запятнала себя саботажем в начинаниях молодой рабоче-крестьянской власти и — хотя и не сразу — нашла своё место в рядах строителей нового общества. Далекий от политической борьбы, С. В. Лебедев не принимал участия в революционных событиях. Но в отличие от многих буржуазных ученых, непримиримо относившихся к новому строю, он ни на минуту не покидал своего трудового научного поста.
В момент начала работы Сергея Васильевича на этой кафедре и лаборатории[8] и учебные помещения находились в большом беспорядке и были запущены. К тусклым от грязи окнам в течение многих лет не прикасалась ничья рука. Устаревший инвентарь лаборатории был в большей своей части растерян. В лаборатории не было самых необходимых для работы в области органической химии справочников. Студенческие столы в залах качественного и количественного анализа были забиты вещами очень разнообразными, но не имевшими никакого отношения к химии. В этих же столах Сергей Васильевич среди всякого мусора нашел связку писем Бородина, которую он передал сыну своего предшественника по кафедре профессора А. П. Дианина, находившегося в родстве с Бородиным. Впоследствии эти письма были опубликованы.
В подвальном помещении здания Сергей Васильевич застал в неприкосновенности лабораторию, сохранившуюся от времен Н. Н. Зинина. Там были прекрасные вытяжные шкафы, покрытые кафельными плитками, печи для нагревания громадных реторт, какие-то большие котлы, вмазанные в печи, много глиняных реторт, тиглей и другой химической посуды.
Вся эта лаборатория, производившая обманчивое впечатление средневековья, была интересна как живой памятник начала эпохи научной химии. Сергей Васильевич расчистил этот подвал, загроможденный хламом, и очень берег эту лабораторию, но, к сожалению, уберечь ее не удалось. Во время пребывания Сергея Васильевича на Менделеевском съезде в Москве заведующий хозяйством Военно-медицинской академии соблазнился отлично сохранившимся кафелем, воспользовался тем, что при кафедре остался один только препаратор, и разобрал вытяжные шкафы. Так было положено начало разрушению лаборатории, довершенное наводнением 1924 года.
Остатки старого инвентаря, как и общий характер оборудования, свидетельствовали, что для своего времени эта лаборатория была первоклассной. Н. Н. Зинин пользовался в Медико-хирургической академии большим авторитетом и создал передовую химическую лабораторию, которая и после него, в бытность руководителем кафедры А. П. Бородина, позволяла осуществлять сложные химические исследования. В запустенье она пришла в последующие годы, когда преемник А. П. Бородина — профессор А. П. Дианин по состоянию своего здоровья (у него была ампутирована нога) почти не появлялся в лаборатории.
Сергей Васильевич много труда затратил на то, чтобы привести лабораторию в порядок. Это было нелегко, так как его усилия совпали с годами гражданской войны и разрухи. Но тем больше внимания стремился Сергей Васильевич уделить вопросам химической подготовки слушателей академии — эти знания могли пригодиться тут же, на фронте. И хотя лаборатория была очень плохо снабжена реактивами, не хватало также посуды, занятия шли успешно. Воодушевленные своим профессором, студенты из дома тащили для своих реактивов всякие банки и склянки, начиная от флаконов из-под духов и кончая небольшими бутылочками из-под вина и уксусной эссенции. Сергей Васильевич вникал во все детали лабораторной жизни, и постепенно его усилиями — кафедра была приведена в порядок.
Много труда положил Сергей Васильевич на получение из различных организаций химической посуды и реактивов. Размах у него был очень широкий. Он все любил делать с расчетом на большую работу и надолго.
Взаимоотношения Сергея Васильевича с сотрудниками кафедры установились такие, что казалось невозможным не выполнять его распоряжения и указания, несмотря на то, что он редко повышал голос в общении с подчиненными.
Например, в 1920 году на кафедре при проведении некоторых работ понадобилось много льда для охлаждения легкокипящих веществ. В академии средств для набивки ледника кафедры льдом не было. Сергей Васильевич мобилизовал для выполнения этой работы весь штат лаборатории, причем в ней приняли участие все работники кафедры, начиная с него самого и кончая уборщицей. Во всякой работе Сергей Васильевич требовал четкости, он не только давал поручения и распоряжения, но неизменно проверял, выполнены ли они и как выполнены.