Относясь серьезно к обязанностям представителя городского населения, С. П. Боткин не сразу решился принять на себя звание гласного и в ответ на предложение поставить свое имя в список кандидатов в гласные городской думы выразил опасение, что прямые его занятия будут мешать ему исполнять новые обязанности. Вот что писал он бывшему председателю комиссии общественного здравия В. И. Лихачеву 21 марта 1881 года: «Долго колебался я, прежде чем решился дать согласие и не отказываться от выбора в гласные. Взять на себя еще новую обязанность при той массе занятий, которые у меня на руках, – право, нелегко, тем более что не чувствуешь в себе достаточно сил, чтобы добросовестно выполнить еще новое дело. С другой же стороны, совестно и уклониться от должности, в которой, может быть, принесешь какую-нибудь пользу». При этом Боткин счел необходимым выразить надежду, что к нему отнесутся снисходительно и дадут возможность принимать участие в общественных делах только в тех случаях, когда его содействие действительно может быть полезно.
«В 1881 году С. П. Боткин был избран в первый раз в гласные думы и затем членом и заместителем председателя комиссии общественного здравия. Вступив в состав городского управления, С. П. Боткин уже не мог не принимать горячего участия в окончательном устройстве и обзаведении городской барачной больницы и по постановлению думы 15 января 1882 года сделался ее попечителем по врачебной части. Барачная больница с того времени сделалась любимым детищем С. П. Боткина, в нее он вложил свою душу; при своих посещениях больницы, нередко лично осматривая и исследуя тяжелых больных, Сергей Петрович, одно появление которого успокаивало и ободряло страждущих, собственным примером учил, как должен относиться врач к больному человеку, для того чтобы приобрести его доверие и облегчить его страдания. Для барачной больницы Сергей Петрович не жалел ни своего дорогого времени, ни своего драгоценного труда и даже разъездные деньги, полагавшиеся ему от города как попечителю, затрачивал целиком на улучшение тех сторон научной обстановки больницы, которые для людей, не посвященных в науку, могли казаться излишней роскошью: таковы, например, лаборатория и кабинеты, не раз впоследствии доказавшие свою несомненную пользу при исследовании различных заразных начал, при исследованиях воды и прочего. Клинические методы исследования и лечение больного сделались возможными и удобоприменимыми на практике даже в городской больнице, – результаты лечения стали получаться совсем иные. Барачная больница практически решала ту задачу, которую теоретически разрешила и наметила городская комиссия общественного здравия в своем докладе о передаче больниц городу».
Далее г-н Лихачев рассказывает, как избранный в 1886 году почетным попечителем всех городских больниц и богаделен, Боткин не замедлил осмотреть больницы и, определив все, что в постановке их было неудовлетворительного, указал на многое, что необходимо было немедленно улучшить и реорганизовать, и вследствие этих указаний «в руках городского общественного управления принятые больницы в весьма короткое время заметно улучшились и результаты лечения стали получаться более успешные, хотя и при попечительном совете в среднем выводе затраты на каждого пользованного больного мало чем разнились от теперешних. Достижению такого состояния больниц и притом в короткое время весьма много содействовало участие С. П. Боткина в городском общественном управлении. Все городские деятели в его присутствии чувствовали уверенность, что больнично-санитарное дело ведется в должном направлении, и этой уверенности не могли поколебать никакие, откуда бы они ни исходили, нападки на это дело.