С января 1951 года Маккарэн стал председателем подкомитета по внутренней безопасности (SISS), образованного сенатом внутри юридического комитета. В состав подкомитета входили сенаторы Джеймс Истланд (Д, Миссисипи), Герберт О'Коннор (Р, Мэриленд), Уильям Дженнер (Р, Индиана), Уиллис Смит (Д, Сев. Каролина), Гомер Фергюсон (Р, Мичиган), Артур Уоткинс (Р, Юта), Карл Мундт (Р, Южная Дакота). Все они были в той или иной степени оппозиционны к "Новому курсу" Рузвельта; большинство из них солидаризировалось с Маккарти, а Мундт, вдобавок, раньше являлся заместителем председателя Комитета по расследованию антиамериканской деятельности и сыграл важную роль в разоблачении Хисса.
Едва ли не первым делом, которым занялся комитет по внутренней безопасности, стало расследование деятельности Института тихоокеанских отношений. Комитет официально поставил своей целью выяснить: 1) имелась ли, и в какой мере, в Институте тихоокеанских отношений инфильтрация агентов мирового коммунистического заговора; 2) влияли ли, и в какой мере, эти агенты и их пособники на дальневосточную политику правительства США; 3) влияли ли, и в какой мере, эти агенты и их пособники на дезориентацию американской общественности, особенно в дальневосточных вопросах.
Комитет Маккарэна подошёл к решению этой задачи весьма основательно. На подготовку к проведению слушаний ушло 6 месяцев. Следователи комитета изучили большой объём данных ― около 150 тыс. документов только из ИТО.
В июле 1951 года комитет Маккарэна открыл слушания. Свидетелями выступали военные и дипломаты, работавшие в Китае; сотрудники Института тихоокеанских отношений; бывшие коммунисты и другие лица. Показания заслушивались на закрытых заседаниях; потом проводились публичные сессии. Телевидение и фоторепортёры не допускались. Слушания по делу ИТО продолжались в комитете Маккарэна год.
Прежде всего комитет занялся изучением американской политики в Китае в 1945-49 гг.
Генерал Клэр Шеннаулт (Claire Chennault), командовавший американскими лётчиками в Китае во время Второй мировой войны[134], показал, что, в то время как на поставки оружия националистам было наложено, по указанию Маршалла, эмбарго, отряды китайских коммунистов продолжали получать оружие из Манчжурии: "