— Не тронь, не то на куски разорву! — грозно прикрикнул Ляпунов. Однако Василий Иванович не уступал. Тогда его с молодой женой увезли из Кремля домой, где он жил до воцарения. Тем временем, узнав о мятеже, на Красную площадь сбежался народ. В числе немногих приверженцев царя пришел патриарх Гермоген, который хотел успокоить народ, но ему не дали говорить. Собравшиеся двинулись за Серпуховские ворота, и там, по словам летописца, князь Ф. И. Мстиславский и все бояре, высшие чиновные люди, боярская Дума и окольничьи, всякого чина люди, дворяне и гости приговорили вопреки возражениям патриарха и нескольких бояр низложить Василия Ивановича, а верховное правление впредь до избрания нового государя передать князю Ф. И. Мстиславскому с боярами. На следующий день Захар Ляпунов с несколькими боярами и чудовскими иноками привез эту печальную весть Василию Ивановичу, который трепетно ждал решения своей участи в том доме, где четыре года назад он на ночном совете решил низвергнуть самозванца и занять престол. Затем ему объявили еще более печальную новость, лишавшую его уже всякой надежды на возможность когда бы то ни было занять царский престол и разлучавшую с молодой женой: его решили постричь в монахи. Василий Иванович всячески упирался, и его постригли насильно: князь Туренин, а по иному сказанию, князь Тюфякин или Иван Салтыков произносили за безмолвно стоявшего старика обеты иночества. Постригли насильно и несчастную молодую жену его царицу Марию. Затем Василия Ивановича отвезли в Чудов монастырь, а царицу — в Ивановский. Впереди сверженного царя ждали еще более горькие испытания.
С устранением Василия Ивановича власть перешла к собранию бояр, называвшемуся по количеству членов, туда входивших, «семибоярщиной». В ее состав входили следующие представители старейших княжеских родов: Федор Иванович Мстиславский, И. М. Воротынский, А. В. Трубецкой, А. В. Голицын, Иван Никитич Романов и два его родственника — Ф. И. Шереметев и Б. М. Лыков. Первой заботой нового правительства было решить вопрос об избрании царя. Гетман Жолкевский хотел, чтобы им был Владислав. Это предложение отклонялось боярами. Но когда Жолкевский подошел почти вплотную к Москве, став от нее (под Хорошевом) на расстоянии семи верст, и когда с другой стороны стал угрожать с немалыми мятежными силами «вор», боярам скрепя сердце пришлось войти с Жолкевским в переговоры, которые закончились 17 августа призванием на царство Владислава. Решение этого вопроса взяли на себя от лица «всея земли» старейшие бояре — князья Ф. И. Мстиславский, В. В. Голицын и Д. И. Мезецкий. В основу соглашения с Сигизмундом был положен тушинский договор. Наиболее острые споры вызвал вопрос о присоединении Владислава к православию. Жолкевский сумел хитро обойти этот опасный подводный камень, сославшись на отсутствие у него законного полномочия со стороны Сигизмунда для решения. Закончили на том, что позже состоится дополнительное соглашение с самим королем, причем бояре утешали себя мыслью, что им удастся склонить королевича к принятию православия. Жолкевский же, не разочаровывая бояр, думал иначе.
На следующий день состоялось торжество принесения Москвой присяги новому царю. Затем начались пиры: Жолкевский чествовал бояр, затем князь Мстиславский приветствовал гетмана ответным роскошным пиршеством. Попировали, обменялись подарками и принялись сообща решать неотложные государственные вопросы. Прежде всего необходимо было покончить с «вором», продолжавшим угрожать Москве. Против него двинулась соединенная польская и московская рать. «Вор» и Марина бежали из Николо-Угрешского монастыря и снова укрепились в Калуге, куда за ними последовал с сильным казацким отрядом Иван Заруцкий: отказ Жолкевского передать ему начальствование над московской ратью обидел самолюбивого атамана, недавнего участника победы под Клушином, и он в отместку перешел на сторону «вора».
Поляки между тем прибрали Москву к рукам. Жолкевский прежде всего решил удалить опасных новому правительственному строю людей, таких, как В. В. Голицын, все еще не терявший надежды на царский престол, и митрополит Филарет, старший представитель рода Романовых, имя которых не раз упоминалось при решении вопроса об избрании царя. (Филарет раньше вернулся в Москву, освободившись от польского плена во время стычки шведско-русского войска с отрядом поляков, которые повезли Филарета из Тушина в Смоленск.) Для удаления этих и других опасных лиц Жолкевский нашел удобный предлог на них возложена была почетная обязанность отправиться под Смоленск во главе многочисленного посольства (в состав его входило около тысячи двухсот пятидесяти лиц и до четырех тысяч писарей и слуг) для завершения переговоров с Сигизмундом. Вместе с тем покончен был раз и навсегда вопрос о Василии Ивановиче. Желая доказать искреннюю приверженность Москвы Сигизмунду, бояре решили отправить его заложником в Польшу.