Наконецъ, въ началѣ октября 1596 года, въ Брестѣ былъ созванъ соборъ для церковнаго рѣшенія вопроса объ уніи. Прибыли туда: экзархъ Константинопольскаго патріарха Никифоръ; экзархъ Александрійскаго патріарха Кириллъ Лукарисъ (Лукарисъ заслужил ненависть іезуитовъ, какъ бывшій въ то время ректоръ епископ Острожскаго училища); митрополитъ Михаилъ съ семью русскими епископами, многими архимандритами, игуменами и священниками. Среди православныхъ делегатовъ были, кромѣ того: Макарій, архимандритъ Аѳонскаго Симонопетрскаго монастыря, делегатъ епископа Паисія Венчацкаго (Сербскаго); Матѳей, архимандритъ Пантелеимонскаго Аѳонскаго монастыря; делегатъ Амфилохія Мукачевскаго (русскаго архіерея Венгріи). Всѣхъ было больше ста человѣкъ. Къ архіереямъ слѣдуетъ еще причислить Луку, митрополита Бѣлградскаго, бѣжавшаго отъ турецкихъ гоненій. Изъ мірянъ прибыли кн. Острожскій съ сыномъ и многочисленные дворяне съ вооруженной свитой. Брестъ, окруженный шатрами и пушками, имѣлъ видъ военнаго лагеря, ожидающаго нападеніе.
Среди делегатовъ-католиковъ выдѣлялись Петръ Скарга съ тремя іезуитами и три вельможи, королевскіе послы.
Православные представляли большинство, что очень испугало приверженцевъ уніи. Кн. Острожскій торжественно обѣщалъ, что спокойствіе въ Брестѣ не будетъ нарушено и сдержалъ свое слово.
Первое засѣданіе было назначено на 6-е октября, но соборъ сразу же раздѣлился на два лагеря: православныхъ и уніатовъ, что помѣшало устройству одного общаго собранія въ церкви, какъ было принято.
Замѣтимъ, что митрополитъ Рагоза, на котораго расчитывали, какъ на хозяина съѣзда, въ это время гдѣ-то скрывался.
Уніаты стали засѣдать подъ предсѣдательствомъ католическаго Львовскаго архіепископа Соликовскаго въ городскомъ соборѣ; православнымъ же Поцей, къ епархіи котораго принадлежалъ Брестъ, запретилъ доступъ въ городскіе храмы и имъ пришлось расположиться въ частномъ домѣ. Предсѣдательствовалъ на соборѣ экзархъ Никифоръ. Посрединѣ лежало Евангеліе. Послѣ обычныхъ молитвъ, еп. Гедеонъ Львовскій произнесъ рѣчь по-русски, которую переводилъ на греческій языкъ іеродіаконъ Кипріанъ. Онъ сказалъ, что всѣ собравшіеся намѣрены до смерти стоять за православную вѣру и что отрекшіеся отъ нея и измѣнившіе патріарху поступили незаконно.
Постановили послать за митрополитомъ Михаиломъ и четырьмя уніатскими епископами, но ни на одно изъ трехъ сдѣланныхъ призывовъ они не явились. Митрополитъ сперва отвѣтилъ, что онъ намѣренъ «подумать» съ католическими епископами, а затѣмъ прибудетъ на Соборъ, но не явился. На слѣдующій день отвѣтъ былъ болѣе яснымъ: «Напрасно насъ ждете: мы къ вамъ не придемъ». Наконецъ, третій отвѣтъ разсѣялъ всякое сомнѣніе: «Что сдѣлано, то сдѣлано; хорошо-ли, дурно-ли, мы сдѣлали, поддавшись Римской церкви, только теперь передѣлать этого нельзя». Такъ до конца Рагоза не рѣшился открыть своей игры, пока не принялъ унію.
На вопросъ экзарха, когда начались хлопоты объ уніи, Кіево-Печерскій архимандритъ Никифоръ Туръ отвѣтилъ: «Патріархъ Іеремія, узнавши о беззаконіяхъ Рагозы, отлучилъ его отъ Церкви, грозя, если не исправится, конечнымъ низложеніемъ; онъ и задумалъ отступить и отступилъ». Очевидно, судя по этому свидѣтельству, Рагоза дѣйствовалъ двулично, пока въ Брестѣ не скинулъ маску.
Соборъ опросилъ делегатовъ-мірянъ о данныхъ имъ наказахъ. Оказалось, что повсюду требовали только одного: не отступать отъ Восточной Церкви. Узнавъ, что въ томъ же домѣ іезуитъ Петръ Скарга старался склонить къ уніи кн. Острожского и его сына, экзархъ Никифоръ сказалъ: «Пусть Скарга придетъ на Соборъ и споритъ съ людьми учеными; зачѣмъ въ углу стараться убѣждать людей, въ богословіи несвѣдущихъ?» Скарга на Соборъ не рискнулъ показаться.
На четвертый день, 9-го октября, Соборъ, отвергши и проклявши унію, объявилъ лишенными сана митрополита Рагозу и епископовъ Владимірскаго, Луцкаго, Полоцкаго, Холмского и Пинскаго, за самовольное отступленіе безъ вѣдома Великаго Собора и отказъ явиться на Соборъ.
Уніатскій соборъ, со своей стороны, выдалъ декретъ о лишеніи сана и проклятіи епископовъ Львовскаго и Перемышльскаго, прося короля ихъ низложить съ каѳедръ и утвердить унію.
По иниціативѣ экзарха Никифора, Соборъ, доведя до свѣдѣнія ренегатовъ свои рѣшенія, попросилъ Сигизмунда III назначить на ихъ каѳедры другихъ епископовъ, а въ граматѣ отъ 11-го октября 1596 года, разосланной повсюду, Никифоръ повелѣлъ поминать, до избранія новаго Кіевскаго Митрополита — патріарха Константинопольскаго Гавріила.
Король, игнорируя православный Соборъ, утвердилъ унію, окрещенную Брестской, и съ тѣхъ поръ православная вѣра стала для правительства внѣ закона и, какъ таковая, подверглась уже офиціальнымъ гоненіямъ, а храмы — грабежамъ. Цѣль латинянъ, наконецъ, была достигнута.