В ночь на 7 сентября Унгерна привезли в Новониколаевск, ставший официальной столицей Сибири вместо опального Омска, исполнявшего эту роль при Колчаке. Последние восемь дней жизни он провел не в подвалах здешней ЧК и не в тюрьме, а в отдельном доме, где кроме него и караула никого не было. За все эти дни его допросили только один раз, следствие использовало материалы предыдущих допросов. Чтобы, согласно указанию Ленина, закончить дело «с максимальной скоростью», предполагалось единственное судебное заседание. Свидетелей решили не приглашать, так как подсудимый не скрывал своих преступлений. Его признаний с избытком хватало для заранее известного приговора.
Пока местные чекисты во главе с Павлуновским готовили обвинение, был сформирован состав Чрезвычайного трибунала. Председателем стал старый большевик Опарин, начальник сибирского отделения Верховного трибунала при ВЦИКе, членами — профсоюзный деятель Кудрявцев, новониколаевский военком Габишев, некто Гуляев, и, наконец, легендарный партизанский вожак Александр Кравченко, агроном и крестьянский утопист, создатель эфемерных таежных республик, основанных на началах мужицкой «правды», как Беловодское царство. Защитником назначили бывшего присяжного поверенного Боголюбова, а общественным обвинителем — секретаря ЦК РКП (б) Емельяна Ярославского (Губельмана), незадолго перед тем переведенного в Москву из Омска. С учетом того, что он — сибиряк, его прислали для «усиления суда», в порядке компромисса между провинцией и центром, уступившим по вопросу о месте проведения процесса, но намеренном придать столичный блеск предстоящему спектаклю. Ярославский должен был сыграть в нем важнейшую роль, и выбор не случайно пал на этого человека.
Уроженец Забайкалья, что в данном случае тоже было немаловажно, в 43 года партиец с громадным стажем, уходящим, по тогдашним понятиям, во времена доисторические, говорун, журналист, публицист, умевший свою эмоциональную подвижность принимать и выдавать за страсть, он, похоже, с радостью согласился выступить обвинителем, а то и сам выпросил эту почетную роль. Будущий главный государственный атеист, автор «Библии для неверующих», редактор журнала «Безбожник», на страницах которого карикатуристы изображали Саваофа вдувающим в Адама душу через клистирную трубку, Ярославский уже тогда считался экспертом в вопросах религии. Суд над бароном-«мракобесом» давал ему возможность лишний раз показать себя как блестящего полемиста и оратора.
Судебное заседание открылось в полдень 15 сентября 1921 года, в здании театра в загородном саду «Сосновка». Театр известен был в городе под тем же названием. Входные билеты заранее распространялись по учреждениям, воинским частям и среди немногочисленного пролетариата, публику подбирали соответствующую, но в числе зрителей оказались и те, кто никак не должен был здесь находиться. Как обычно, деньги открывали и эти двери. Билеты были бесплатные, но именные, в зал пропускали по удостоверениям, тем не менее бывший колчаковец Михаил Черкашин сумел проникнуть туда по чужим документам. По рассказу Шайдицкого, на процессе присутствовали и корейцы, служившие в Азиатской дивизии еще в Даурии. Якобы подполковник Ким, любимец Унгерна, специально отправил их в Сибирь, чтобы узнать о его судьбе, и они ухитрились пробраться из Харбина в Новониколаевск, а потом вернуться обратно.
Многие, не имея билетов, надеялись хоть мельком увидеть барона, когда его будут вводить в театр. С утра у театрального подъезда собралась толпа любопытных. По свидетельству репортера, в зале преобладали мужчины, среди них — рабочие и красноармейцы, а в саду — женщины и обыватели. В ожидании Унгерна разговоры о нем сводились, главным образом, к одному вопросу: «Каков он из себя?»
Газета «Советская Сибирь» в трех номерах опубликовала почти полную стенограмму процесса, а оценочный репортаж, учитывая, что его будут читать и в Харбине, и в белом Приморье, написал Иван Майский, в недавнем прошлом меньшевик и министр труда Самарского правительства, в скором будущем — советский полпред в Лондоне. В 1919 году он провел перепись населения Монголии, поэтому считался специалистом во всем, что с ней связано.
«Узкое длинное помещение „Сосновки“, — повествует Майский, — залито темным, сдержанно-взволнованным морем людей. Скамьи набиты битком, стоят в проходах, в ложах и за ложами. Все войти не могут, за стенами шум, недовольный ропот. Душно и тесно. Лампы горят слабо». Возбуждение зрителей понятно, ведь перед ними сейчас пройдет «не фарс, не скорбно-унылая пьеса Островского, а кусочек захватывающей исторической драмы».