В полдень (
Опасаясь всяких «неожиданностей» и срыва переговоров, Хрущев запретил Плиеву использовать зенитное оружие против американских самолетов. Он также приказал вернуть на аэродромы все советские самолеты, патрулирующие Карибское море. Для пущей уверенности первое письмо было решено транслировать по радио, чтобы оно как можно скорее дошло до Вашингтона. За час до начала трансляции послания Никиты Хрущева (16:00 по московскому времени) Малиновский послал Плиеву приказ начать демонтаж стартовых площадок Р-12.
Демонтаж советских ракетных установок, погрузка их на корабли и вывод с территории Кубы заняли три недели. Убедившись, что Советский Союз вывел ракеты, президент Кеннеди 20 ноября отдал приказ прекратить блокаду Кубы.
Через несколько месяцев из Турции были выведены и американские ракеты «Юпитер» – как «устаревшие». ВВС США не возражали против списания этих БРСД, так как к этому моменту ВМФ США уже развернул на подводных лодках намного более подходящие для передового базирования БРПЛ «Полярис», сделавшие комплекс «Юпитер» устаревшим.
Мирное разрешение кризиса удовлетворило не всех. Смещение Хрущева двумя годами позже можно частично связать с раздражением в Политбюро ЦК КПСС относительно уступок Соединенным Штатам, сделанных Хрущевым, и его неумелым лидерством, приведшим к кризису.
Коммунистическое руководство Кубы расценило компромисс как «предательство» со стороны Советского Союза, поскольку решение, положившее конец кризису, было принято исключительно Хрущевым и Кеннеди.
Некоторые военачальники США также были недовольны результатом. Так, начальник штаба воздушных сил США генерал ЛеМей назвал отказ от атаки Кубы «наихудшим поражением в нашей истории».
По окончании кризиса аналитики советских и американских спецслужб предложили установить между Вашингтоном и Москвой прямую телефонную линию (так называемый «красный телефон»), чтобы в случае кризисных ситуаций у лидеров сверхдержав была возможность немедленно связаться друг с другом, а не пользоваться телеграфом.
В октябре 2002 г., в 40-летие Карибского кризиса, на Кубе состоялась конференция с участием представителей России и США, на которой были представлены рассекреченные документы, показывающие, что в те дни мир был гораздо ближе к ядерной конфронтации, чем считалось ранее. Так, не исключено, что только здравый смысл старшего на борту советской подводной лодки Б-59 капитана второго ранга Василия Архипова предотвратил полномасштабный конфликт.
Как уже говорилось, во время кризиса к берегам Кубы были направлены четыре советские подводные лодки, вооруженные ракетами с ядерными боеголовками. При этом их командованию не было дано четких инструкций относительно возможного применения атомного оружия. Накануне отбытия Архипов специально уточнил у заместителя Главнокомандующего ВМФ адмирала В. А. Фокина: «Не ясно, товарищ адмирал, зачем мы взяли атомное оружие. Когда и как нам следует его применять?» Адмирал В. А. Фокин не смог дать ответ на этот вопрос, а начальник штаба Северного флота заявил, что оружие может быть применено в случае нападения на лодку, причинившего ей повреждения («дырку в корпусе»), или по специальному приказу из Москвы.
В «черную субботу» 27 октября 1962 г. группа из 11 эсминцев США, возглавляемая авианосцем «Рендольф», окружила около Кубы ПЛ «Б-59»; кроме того, лодка была обстреляна американским самолетом, а по данным советской стороны, против лодки были применены и глубинные бомбы.
По данным национального архива США, командир подводной лодки капитан второго ранга Валентин Савицкий приготовился выпустить в ответ атомную торпеду. Однако старший на борту Василий Архипов проявил выдержку, обратил внимание на сигналы со стороны американских кораблей и остановил командира. В результате лодка ответила сигналом «Прекратите провокацию», после чего самолет был отозван и ситуация несколько разрядилась.