Но ничто не помогало в сглаживании противоречий между японской и американской прессой. Японские военные держались своего первоначального заявления об открытии огня по самолету-нарушителю в 03:29. Те, кто говорил, что истинное время атаки 03:38, были высокопоставленными политическими лидерами. Тем не менее, было предприняты усилия примирить эти две цифры. Министр иностранных дел Абе не говорил о самолете как о "исчезнувшем с экранов радаров", но утверждал что "самолет был сбит в 03:38". Придерживаясь, на первый взгляд, американской версии истории, Абе сохранял определенную дистанцию, указывая на 03:38 как на время атаки (а не 03:26:20). Он возможно также пытался смягчить конфликт между министерством и военными. 03:38, которое он называл временем уничтожения самолета, было, на самом деле моментом, когда истребитель В на карте JDA сбил другого нарушителя, возможно, у восточного побережья Сахалина.
Член комитета начальников штабов воздушных сил самообороны заявил, что самолет, который предположительно являлся советским истребителем и летел со скоростью 450 узлов, появился на экранах радаров в 03:20, преследуя самолет, пересекающий Сахалин с востока на запад. Два самолета сблизились в 03:25 на высоте 24000 футов и след того самолета, который мог бы быть корейским лайнером, исчез с экранов в 03:29. Преследующий самолет появился на экране в тот момент, когда делал разворот с набором высоты. Полагают, что 747-й взорвался в воздухе.
Военные продолжали придерживаться 03:29 и вновь поддержали японскую версию катастрофы. Тем не менее, другие источники упоминали об атаке, произошедшей в 03:38 и исчезновении самолета с экранов в 03:39.
Согласно высокопоставленному официальному лицу в Министерстве иностранных дел, навигационные огни корейского лайнера в момент атаки были включены. Он добавил, что Объединенные Нации были бы информированы об этом факте. Чиновник также указал на следующую хронологию событий, наблюдаемых JASDF.
1 сентября, 03:20. Корейский авиалайнер проинформировал наземный контроль в Нарита, что проходит навигационный пункт NOKKA. Поскольку точка, в которой корейский лайнер наблюдался радаром, не соответствовала позиции, сообщенной самолетом, контроль в Нарита попросил корейский лайнер подтвердить свою позицию. Корейский самолет не ответил на запрос.
03:25. Один из трех советских истребителей МиГ-23 проинформировал Сахалинский центр ПВО, что поддерживает визуальный контакт и находится в 2 км позади самолета-нарушителя. Самолет затем проинформировал наземный контроль о наборе высоты, с тем, чтобы следовать за нарушителем выше и сзади. Он также сообщил, что навигационные огни самолета мигают. Согласно наблюдениям радара в это время (03:25), в тот момент, когда навигационные огни самолета мигали, корейский авиалайнер находился над международными водами и еще не входил в воздушное пространство Сахалина. Корейский самолет затем начал двигаться зигзагом. Сахалинский центр ПВО не прореагировал на сообщение о мигающих огнях и приказал перехватчику приготовить свои ракеты и открыть огонь.
03:38. В 03:38 советский истребитель МиГ-23 радировал с опозданием: "Я выпустил ракеты в 03:29". Хотя пилот МиГ-23 сказал, что выпустил ракеты в 03:29, данные радара показывают, что это событие имело место в 03:38.
03:39. В 03:39 отметка корейского самолета исчезла с экранов радаров.
Комментируя все эти наблюдения, японское правительство заявило, что, как они показывают, советский истребитель МиГ-23 не следовал обычным процедурам перехвата корейского лайнера. Экипаж лайнера с помощью мерцающих навигационных огней ясно просигнализировал о своем намереним следовать за советским истребителем.
Намерения министерства иностранных дел заключались в том, чтобы (а) создать впечатление, что действительности нет никакого противоречия между японской и американской версией предполагаемого уничтожения KAL 007, (б) принять в расчет некоторые факты, упомянутые военными, и (в) обвинить советских пилотов в том, что те не следовали стандартным процедурам перехвата. Заявление содержало одну ошибку (в 03:20 KAL 007 сказал диспетчерам в Нарита, что поднимается выше 33000 футов), одно новое заявление (доклад пилота МиГ-23 в 03:38 что он выпустил ракеты в 03:29), и детали трех разных перехватов самолетов, не являющихся корейским лайнером. Слова о нарушителе, идущем ломаным курсом во время вторжения в воздушное пространство Сахалина, еще прозвучат годы спустя в заявлении советского пилота.
Согласно информации оборонного агентства 5 сентября, один из МиГ-23 поднялся в воздух с авиабазы на Сахалине и сблизился с корейским авиалайнером в 03:25. Он радировал наземному контролю: "Цель захвачена". Через одну или две минуты послышалось следующее: "Приготовиться открыть огонь". "Готов". "Огонь". "Ракеты выпущены". В 03:29 пилот сообщил: "Докладываю, цель уничтожена".